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本试验以九种常用狗牙根为研究对象,利用ISSR、SRAP、AFLP标记技术研究了供试材料间的遗传多样性,构建了九种常用狗牙根品种的指纹图谱,为狗牙根品种的鉴定、种质资源保护、杂交育种的亲本选配和开发利用提供理论和技术依据。本论文的主要研究内容和结果如下：1.由ISSR标记分析结果可知,13条引物组合共获得54条清晰可辨的总条带,多态性条带数34条,平均每对引物扩增出4.1条带,多态性位点百分率为64.15%,材料间的遗传相似系数范围在0.547到0.962之问,变幅为0.415,说明供试材料具有比较丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.806时,九种常用狗牙根品种可聚为5类。黑杰克和南京狗牙根为一类,普通狗牙根和瑞拉为一类,阳江狗牙根为一类,摄政王为一类,T-419、小矮人、老鹰草聚为一类。2.由SRAP标记分析结果可知,10对引物组合共得到扩增总条带230条,多态性条带数154条,平均每对引物扩增出15.4条带,多态性位点百分率为66.96%,材料间的遗传相似系数范围在0.606到0.867之间。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.778时,9份材料可聚为5类。黑杰克和阳江狗牙根为一类,普通狗牙根聚为一类,瑞拉和南京狗牙根聚为一类,摄政王为四类,T-419、小矮人、老鹰草为一类。3.由AFLP标记分析结果可知,13对引物共扩增出1326条带,其中多态性条带有1212条,平均每对引物扩增出93.2条带,多态性条带比率为91.71%,材料间的遗传相似系数范围在0.469到0.797之间,变幅为0.328。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.652处,可将九种常用狗牙根品种分为5大类。T-419、小矮人、老鹰草为一类,摄政王为一类,瑞拉和黑杰克为一类,南京狗牙根和普通狗牙根聚为一类,阳江狗牙根一类。4.根据ISSR、SRAP、ALFP标记电泳图谱,对9个狗牙根进行了指纹图谱构建。利用ISSR引物UBC810和UBC857的扩增产物电泳图为基础构建的指纹图谱可以鉴定出九种狗牙根品种。从25对SRAP引物组合中筛选出2对多态性高的引物组合me4/em6和mel/em6,此2对引物扩增得到的图谱可将九种狗牙根品种品种完全区分开来。在13对AFLP引物组合中,依据P7/M3引物对电泳图谱,构建了9种狗牙根的指纹图谱,可将九种常用狗牙根品种完全区分开。综上所述,ISSR、SRAP、AFLP标记技术用于狗牙根品种遗传多样性评价、亲缘关系分析和品种鉴定是可行的。