科研机构的评价方法主要有定性评价方法和定量评价方法，其中定量评价方法以其客观性、操作方便等特点在科研机构评价中发挥了重要作用。基于文献计量学的评价方法是定量评价方法中的一种，其评价指标是多种多样的，每个指标都有其测度角度、优势和不足。　　 H指数是2005年由物理学家Hirsch提出的一个新的文献计量学指标，是目前文献计量学研究的热点之一。目前国内外有关H指数应用的研究大多是针对科研人员个人学术成就的评价，有关H指数应用于科研机构评价的研究相对比较零散，缺乏整体性和系统性。本文基于已有的研究，对H指数在科研机构评价中的应用进行深入、系统分析，主要有以下几个方面：　　 首先对科研机构评价中基于文献计量学的两类常用的定量评价指标进行了详细归纳和总结，分析各个指标的优势与不足，这两类指标是H指数的理论基础：　　 然后全面介绍了H指数的定义、特点和功能，以及H指数在科研机构评价中的应用进展，从中分析出H指数在科研机构评价中应用的合理性与可行性，提出H指数直接应用于机构评价中可能存在的两大问题：机构规模对机构H指数的影响以及如何利用H指数测度机构内部科研人员的研究水平。　　 第三，深入、系统分析了两个新的指标Hm指数和H2指数的特点、合理性，通过对试验数据的解释和分析，提出两个指数在科研机构评价中的主要应用方式、优势和意义。利用这两个指标来解决H指数直接用于科研机构评价的主要问题。　　 在对科研机构的H指数进行优化和改进的基础上，本研究把H指数系列指标与其他主要的定量评价指标进行了比较分析，通过各个指标的性能比较和相关分析，更加深入验证了各指标的功能、有效性、独立性以及指标之间的联系。　　 在本论文的研究中，笔者综合运用了文献调研法、比较分析法、统计分析法等研究方法。通过研究笔者认为，H指数具有其它评价指标不可比拟的优势，把它应用于科研机构的评价中不仅具有合理性，也是可行的。但科研机构与科研人员是不同的评价对象，在实际的应用过程中，需要充分认识科研机构自身的特点，分析直接应用H指数评价科研机构的不足之处并加以解决。本论文针对H指数应用于科研机构评价可能出现的问题提出的解决方案为今后的相关研究提供了借鉴和参考，为实际的评价工作提供了一定的理论指导。