禽呼肠孤病毒L2基因的克隆与序列分析

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本试验提取禽呼肠孤病毒天津地区分离株(ARV T-98)和内蒙古地区分离株(ARV C-98)病毒的总RNA。参考GenBank中禽呼肠孤病毒176株(ARV176)的L2基因序列设计了5对特异性引物。应用一步法RT-PCR技术扩增禽呼肠孤病毒的L2基因。将回收纯化得到的目的DNA与pEASY-T1载体链接,转化到感受态细胞,用蓝白斑法筛选阳性重组质粒,再用PCR法鉴定阳性重组质粒,然后将PCR鉴定为阳性的重组质粒送英潍捷基(上海)贸易有限公司(invitrogen)进行序列测定。应用DNAstar软件将测定序列进行拼接并与参考序列进行比较分析。结果显示L2基因节段长3830bp,均含有完整的开放性阅读框(Open Reading Frame, ORF),编码区位于15~3794bp。、测定的禽呼肠孤病毒C-98、T-98株的L2基因序列已经登录GenBank,登录号分别是JN641888、JN641889。ARV C-98和ARV T-98的L2基因核苷酸及其推导的氨基酸的同源性均很高,分别为99.7%,99.4%;与ARV176、ARVS1133、ARV138、和ARV AVS-B的L2基因核苷酸同源性在83.9%~99.7%之间,推导的氨基酸同源性在96.4%~99.6%之间;与MRVBYD1、MRVSC-A、MRV T3D和MRV T4N的L1基因核苷酸同源性在53.4%~54.4%之间,推导的氨基酸同源性在53.9%~54.4%之间。系统发生树表明,ARV C-98、ARV T-98与ARV176、ARV S1133、ARV138、和ARV AVS-B处于同一进化分支,其中与ARV176和ARV S1133的遗传进化关系最近。与MRV BYD1、MRV SC-A、MRV T3D和MRV T4N处于不同的进化分支,遗传进化关系较远。
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