跨区域公共工程项目是一项复杂的系统工程，其管理协调难度较大。跨区域公共工程项目的顺利完成与项目组织息息相关。论文分析了国内外跨区域公共工程项目的相关研究现状,指出跨区域公共工程项目管理存在的诸多问题,并提出本文的研究视角——跨区域公共工程项目组织运行机制，以期使得跨区域公共工程项目系统有序而高效地运行，从而提高跨区域公共工程项目的管理水平和效率，这是实现跨区域公共工程项目目标的必然要求。要构建跨区域公共工程项目组织运行机制，需要首先确立跨区域公共工程项目组织结构形式。论文基于组织理论、HWPS理论以及C理论等理论基础，结合跨区域公共工程项目的独特性及项目管理存在的问题，构建了跨区域公共工程项目组织结构形式。并在此基础上，以跨区域公共工程项目组织运行效率为中心，构建了论文的研究重点——跨区域公共工程项目组织运行机制。首先针对跨区域公共工程项目组织结构形式初步构建跨区域公共工程项目运行机制模型，并对组织运行机制模型中探讨的六大基础内容进行了解析，包括跨区域公共工程项目组织制度、组织沟通渠道、组织氛围、组织业务流程、组织模式和组织结构等。其次对跨区域公共工程项目组织运行的驱动力来源、形式（职权驱动力和合同驱动力）及其作用机理进行了分析；围绕跨区域公共工程项目组织运行效率的提升，从跨区域公共工程项目组织协调及组织优化这两条途径来动态分析与调整跨区域公共工程项目组织的运行情况。最后通过港珠澳大桥跨区域公共工程项目的案例分析来探讨论文在项目实践中的具体应用。论文是围绕跨区域公共工程项目组织目标，通过对跨区域公共工程项目组织本质认识的不断深入，从提升跨区域公共工程项目组织运行的效率着手，研究跨区域公共工程项目组织运行机制。这对提高跨区域公共工程项目管理水平有一定的推进作用。