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本研究利用SSR分子标记技术对四川常用的24个不育系进行遗传多样性分析，利用主要的4个恢复系和24个不育系按不完全双列杂交设计进行试验，并进行配合力分析。对24个不育系的开花习性相关性状进行了研究，结合四川省1991-2005年四川省审定品种的产量性状改良，对四川水稻育种的效果进行研究，科学分析取得成绩的原因，得出如下结论： 1、SSR标记可以将24份不育系准确的聚类，尽管水稻品种资源的遗传多样性丰富，SSR标记可以客观反映不育系之间的遗传相关。利用筛选出的131对多态性引物对24份材料的基因组DNA扩增，共检测到205个等位位点，根据这些等位位点聚类分析，结果与系谱追踪吻合较好，表明：利用SSR聚类分析，可以指导杂种优势群的划分和杂优模式的选配。 2、利用SSR标记技术，建立了24个主要不育系的指纹图谱数据库，筛选出多态性的引物131个，其中特异的引物7个：RM318，RM334，RM277，RM120，RM210、RM214，RM117，可将宜香1A、Ⅱ-32A、珍汕97A、V20A、Y华A、优IA、协青早A从24个不育系中鉴别出来。用单一或几个引物相结合，可以将主要不育系的任何一个与其它24个主要不育系区分开来，为品种保护提供了有力的技术支持。 3、调查分析24份不育系开花习性，花器性状，在调查的5个开花习性性状中，中9A是24份不育系中开花习性最理想不育系，其次是D297A；在花器性状上，最好的是F3A，其次是D297A。通过通径分析，对异交结实率的相对作用大小依次为开花历时→柱头外露率→张颖角度→柱头长度→开花历期→开花时间。提出了在不育系选育过程中应当注重开花历时、柱头外露率。 4、通过对24份不育系的不完全双列杂交实验进行配合力分析结果表明：即使是最好的亲木，在产量和产量相关性状上仍然存在可以改良的空间。四川常用的D62A、Ⅱ-32A在结实率上一般配合力表现较差，说明还有较大的改良余地，在特殊配合力较好几个的组合G46A／R363、F139A／R725、中9A／R363、Ⅱ-32A／R527、D62A／R363、宜香1A／R838，除去G46A／R363、