洪湖碘泡虫（Myxobolus honghuensis）引起的鲫洪湖碘泡虫病是当前我国鲫鱼养殖业发展的主要限制因子之一。病原丰度是决定病害发生的关键因素之一，建立洪湖碘泡虫的定量检测方法，不仅可用于异育银鲫洪湖碘泡虫病的早期诊断，且可用于养殖环境中洪湖碘泡虫的定量监测，为该病的爆发风险预警及防控措施的效果评价提供技术手段。
　　本研究根据洪湖碘泡虫的ITS基因序列，设计了一对特异性引物，建立了洪湖碘泡虫的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(QPCR)方法，并对该方法的特异性、灵敏性、重复性及应用性进行了验证。结果显示，该方法能特异性检测出洪湖碘泡虫，而与多涅茨尾孢虫、倪李碘泡虫、普洛宁碘泡虫、吴李碘泡虫之间无交叉反应;最低检测限为3.02×102copies/μL，灵敏性较常规PCR高出1000倍;组内和组间重复性试验的变异系数均小于2％。应用该方法可定量检出洪湖碘泡虫全生活史阶段，包括鱼体内移行发育的前孢子阶段及养殖环境的水样及底泥样中分布的洪湖碘泡虫。因此，所建立的洪湖碘泡虫SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法特异性好、灵敏度高、重复性稳定，可应用于对异育银鲫全养殖阶段养殖系统中分布的洪湖碘泡虫进行定量监测。
　　“水瘪子病”（肝胰腺坏死症）是近几年对河蟹造成严重危害的病害之一，给河蟹养殖业带来了巨大的经济损失。绒螯蟹肝孢虫（Hepatospora eriocheir）是一种寄生于中华绒螯蟹肝胰腺的微孢子虫，被认为可能与“水瘪子病”的发生相关。因此，建立快速定量检测绒螯蟹肝孢虫方法不仅可为研究绒螯蟹肝孢虫分子流行病提供技术手段，也可用于河蟹“水瘪子病”的病因分析。
　　本研究根据绒螯蟹肝孢虫的18S rDNA基因序列，设计了一对特异性引物，建立了绒螯蟹肝孢虫的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(QPCR)方法，并对有“水瘪子病”症状的绒螯蟹病料样品的绒螯蟹肝孢虫进行定量检测，以进行感染丰度与症状的相关分析。结果显示，所建立的QPCR标准曲线线性关系良好，相关系数(R2)为0.9957;特异性强，与石斑鱼肠道微孢子虫、对虾肝孢虫不发生交叉反应;重复性好，组内、组间的Ct值变异系数均小于2％;敏感性更高，相比之前报道的绒螯蟹肝孢虫实时荧光定量PCR检测方法，扩增效率更高(79.1％vs.98.3％)，灵敏度更高(200copies/μL vs.2.87×101copies/μL）。应用该方法对长江水系、辽河水系、瓯江水系与闽江水系等不同地理株的绒螯蟹成蟹，发病水域的蚤状幼体至成蟹阶段的绒螫蟹及不同感染症状的绒螯蟹进行感染强度的定量检测分析，结果发现:(1)不同地理株的绒螯蟹普遍感染绒螯蟹肝孢虫;(2)绒螯蟹肝孢虫感染可能发生于第二次脱壳后;(3)绒螯蟹肝孢虫仅感染肝胰腺，而不感染其它组织;(4)绒螯蟹肝孢虫感染与“水瘪子病”不相关。