棉花品种是棉花生产的先决条件，棉花产量与品质的提高在于棉花新品种的选育。我国在1990-1999年十年间通过国家或各省审定的品种数量达297个，而在2000-2009年十年间审定品种数量达842个，这其中包括重复审定70个、引种17个、彩棉33个、长绒棉18个、早熟棉22个，前五年审定了223个，后五年审定了619个，后五年为前五年的2.8倍。育种速度加快，品种更新换代周期缩短。2000-2009年棉花品种生育期除新疆早熟棉和长绒棉生育期略有增加外多呈现缩短趋势。新疆长绒棉品种生育期呈现波动中增加，后五年比前五增加5.5天，新疆早熟棉生育期后五年比前五年增加1天。2000-2009年棉花品种产量前后五年比较，均呈现不同程度的增加。新疆棉区审定品种产量增加幅度最大，可达1-3千克/亩/年，其次是长江棉区增加0.8千克/亩/年，黄河增产幅度小，仅为0.6千克/亩/年。从棉花纤维长度来看，新疆棉花品种长度增加约1毫米，而长江棉区和黄河棉区均是略有提高，但不明显。转基因与非转基因棉花品种相比，产量有了明显增产。长江棉区转基因棉花品种年增加2千克/亩，黄河棉区增产0.4千克/亩；长江棉区非转基因棉花品种产量有所增加，而黄河棉区非转基因棉花品种产量却有所下降。对于常规与杂交棉来说，长江棉区和黄河棉区的杂交棉产量均有增加，长江棉区杂交棉增产幅度大于黄河棉区。黄河棉区仍应以常规棉花品种选育为，长江棉区要以杂交棉为主。近年来种子企业育种工作得到加强。但各育种单位目标大致相同，致使棉花育种工作力量分散，工作内容多次重复，无法形成优势研究力量，不便于集中攻克育种难题。转基因技术育种是今后一段时期的主攻方向。在加强杂交棉育种的前提下，不应以减少或放弃常规育种为代价，与常规育种结合不紧密，生物技术与常规育种技术相结合是今后棉花育种的发展方向。由单一常规棉发展到低酚棉、杂交棉、抗病虫棉、抗旱棉等多类型并举。总之，随着我国对棉花科研的投入与进展，未来几年应在生物技术、基因工程与常规育种技术结合的基础上，加强种质资源收集与利用，加强育种团队建设，将分散、规模小的团队联合起来，做大我国的棉花种子研发团队，提高棉花产量水平和纤维品质，综合提高品种抗性能力，对于提高我国棉花科研水平，增强我国棉花生产能力起到了巨大推动作用。