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本研究利用11个微卫星DNA标记对贵州白水牛和6个贵州普通水牛群体（遵义、铜仁、毕节、黔中、黔南、黔东南）的遗传多样性和亲缘关系进行了研究，结果如下： 1．所研究7个水牛群体共检测到72个等位基因，有49个是在各水牛群体中均被检测到的共享等位基因，另外23个只在部分群体中检测到，平均每个基因座6.5455±1.6348个，在贵州白水牛上检测到69个等位基因。各水牛群体在各微卫星座位上的等位基因频率在0.0049～0.5326之间。 2．11个微卫星座位的多态座位百分数均达到100％。7个水牛群体的平均观察杂合度为0.9313，平均期望杂合度为0.7715，平均Nei氏期望杂合度为0.7637；其中贵州白水牛的三种杂合度分别为0.9414，0.7822，0.7784：7个水牛群体的平均多态信息含量为0.7260±0.0220，其中贵州白水牛为0.7431±0.0496。贵州白水牛与普通水牛群体间在3种杂合度和多数微卫星座位上的多态信息含量无明显差异。 3．根据各微卫星座位的基因频率，通过Popgen32软件计算得到7个群体两两之间的Nei氏标准遗传距离在0.0910～0.3084之间，遗传相似系数在0.7346～0.9130之间。其中贵州白水牛和遵义普通水牛之间的遗传距离最近，为0.0910：黔南普通水牛和毕节普通水牛之间的遗传距离最远为0.3084。 4．根据逐步突变模型（SMM），估计了7个水牛群体之间的遗传分化时间。当假定微卫星的平均突变率为1×10-3时，得到7个水牛群体间的分化时间为228～771年。 5．通过UPGMA／Ds聚类，所研究的7个水牛群体被明确分为两大类，其中黔南普通水牛和黔东南普通水牛聚为一类，其余水牛群体聚为另一类。贵州白水牛没有单独聚为一类，而是和同分布区域的遵义普通水牛首先聚类，然后和铜仁普通水牛聚类。 6．本研究结果显示，贵州白水牛是其产地的普通水牛群体中的一个突变群，就其基本的遗传基础来说，应该和普通水牛是一致的。 7．本研究的结果可为正确评估贵州水牛的遗传多样性的资源价值、制定合理可行的保种方案提供理论依据。