外显子组测序法分析结直肠癌基因组中的变异及血清学法分析维生素D结合蛋白和25-羟维生素D含量与结直肠癌的关系

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【目的】
  1.通过外显子组测序法对结直肠癌(colorectalcancer,CRC)患者体细胞单个核苷酸变异(SNVs)、插入或删除(InDel)、高频突变基因(SMGs)、拷贝数目异常(CNVs)以及异常通路富集等多个参数进行统计分析,旨在探索CRC组织中基因组的新变异。
  2.目前维生素D结合蛋白(vitaminDbindingprotein,VDBP)及25-羟基维生素D[25-hydroxyvitaminD,25(OH)D]与CRC的关系尚不明确,通过血清学法分析CRC患者术前和术后血清25(OH)D和VDBP水平与患病风险的关系。
  【方法】
  1.运用Illumina第二代测序的外显子组测序法对17例CRC患者的17组癌组织及癌旁正常组织进行测序,从而探索CRC新型体细胞基因组变异。通过dbSNP138、千人基因组SNP数据库、Hapmap数据库、COSMIC已知肿瘤体细胞突变数据库和esp6500变异数据库等注释,对变异结果进行筛选及分析。而高频突变基因则使用MuSic软件进行分析。
  2.运用酶联免疫吸附法(Enzymelinkedimmunosorbentassay,ELISA)测定血清VDBP浓度和化学发光免疫法测定25(OH)D浓度;使用Pearson相关分析方法(Pearsoncorrelationanalysis)分析CRC患者血清VDBP与25(OH)D的关系;并通过条件Logistic回归分析血清VDBP或25(OH)D作为CRC危险因素的预测价值。
  【结果】
  1.在17例结直肠肿瘤中发现1637个体细胞SNV位点,仅7个为多肿瘤共有SNV位点,即超过99%SNV是单肿瘤变异位点。其中位点KRASp.G12D和ZNF717p.L39V突变频率最高。另外,我们发现10个高频突变基因,包括KRAS、TP53、SMAD4、ZNF717、FBXW7、APC、ZNF493、CDR1、ARMC4和SUMF2,而ZNF717、ZNF493、CDR1、ARMC和SUMF2是新发现的CRC高频突变基因。在拷贝数异常分析中,染色体10q25.3、1p31.1、1q44、10q23.33、11p15.4和20q13.33的增加及3q21.3和3q29的缺失频率最高。
  2.CRC患者术前和术后的血清25(OH)D浓度明显低于正常对照组(P<0.05),而术前和术后血清VDBP浓度均明显高于正常对照组(P<0.05)。肿瘤分期越高(III-IV)、淋巴结受累越多的患者术后血清VDBP水平越低。男性患者及直肠肿瘤患者术前和术后血清25(OH)D水平较高。我们的结果显示术前血清VDBP是CRC的危险因素(OR=13.264;CI=1.72-102.28;P=0.013)。然而CRC中血清VDBP与25(OH)D无相关性。
  【结论】
  1.新发现的高频突变基因ZNF717、ZNF493、CDR1、ARMC4和SUMF2以及染色体10q25.3的增加可能与结直肠癌的发生发展有关;高水平的独发单核苷酸变异证实了结直肠癌的高异质性;不同患者的突变基因位点可能存在显著差异,这也可能给临床治疗带来更大的挑战。
  2.血清25(OH)D和VDBP浓度均与结直肠癌有关,且与CRC患者的临床和病理特征有一定相关性,血清25(OH)D和VDBP可能对今后CRC的发病机制的研究及患病风险的评估有参考价值,并提供更多参考数据。
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