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【目的】
1.通过外显子组测序法对结直肠癌(colorectalcancer,CRC)患者体细胞单个核苷酸变异(SNVs)、插入或删除(InDel)、高频突变基因(SMGs)、拷贝数目异常(CNVs)以及异常通路富集等多个参数进行统计分析,旨在探索CRC组织中基因组的新变异。
2.目前维生素D结合蛋白(vitaminDbindingprotein,VDBP)及25-羟基维生素D[25-hydroxyvitaminD,25(OH)D]与CRC的关系尚不明确,通过血清学法分析CRC患者术前和术后血清25(OH)D和VDBP水平与患病风险的关系。
【方法】
1.运用Illumina第二代测序的外显子组测序法对17例CRC患者的17组癌组织及癌旁正常组织进行测序,从而探索CRC新型体细胞基因组变异。通过dbSNP138、千人基因组SNP数据库、Hapmap数据库、COSMIC已知肿瘤体细胞突变数据库和esp6500变异数据库等注释,对变异结果进行筛选及分析。而高频突变基因则使用MuSic软件进行分析。
2.运用酶联免疫吸附法(Enzymelinkedimmunosorbentassay,ELISA)测定血清VDBP浓度和化学发光免疫法测定25(OH)D浓度;使用Pearson相关分析方法(Pearsoncorrelationanalysis)分析CRC患者血清VDBP与25(OH)D的关系;并通过条件Logistic回归分析血清VDBP或25(OH)D作为CRC危险因素的预测价值。
【结果】
1.在17例结直肠肿瘤中发现1637个体细胞SNV位点,仅7个为多肿瘤共有SNV位点,即超过99%SNV是单肿瘤变异位点。其中位点KRASp.G12D和ZNF717p.L39V突变频率最高。另外,我们发现10个高频突变基因,包括KRAS、TP53、SMAD4、ZNF717、FBXW7、APC、ZNF493、CDR1、ARMC4和SUMF2,而ZNF717、ZNF493、CDR1、ARMC和SUMF2是新发现的CRC高频突变基因。在拷贝数异常分析中,染色体10q25.3、1p31.1、1q44、10q23.33、11p15.4和20q13.33的增加及3q21.3和3q29的缺失频率最高。
2.CRC患者术前和术后的血清25(OH)D浓度明显低于正常对照组(P<0.05),而术前和术后血清VDBP浓度均明显高于正常对照组(P<0.05)。肿瘤分期越高(III-IV)、淋巴结受累越多的患者术后血清VDBP水平越低。男性患者及直肠肿瘤患者术前和术后血清25(OH)D水平较高。我们的结果显示术前血清VDBP是CRC的危险因素(OR=13.264;CI=1.72-102.28;P=0.013)。然而CRC中血清VDBP与25(OH)D无相关性。
【结论】
1.新发现的高频突变基因ZNF717、ZNF493、CDR1、ARMC4和SUMF2以及染色体10q25.3的增加可能与结直肠癌的发生发展有关;高水平的独发单核苷酸变异证实了结直肠癌的高异质性;不同患者的突变基因位点可能存在显著差异,这也可能给临床治疗带来更大的挑战。
2.血清25(OH)D和VDBP浓度均与结直肠癌有关,且与CRC患者的临床和病理特征有一定相关性,血清25(OH)D和VDBP可能对今后CRC的发病机制的研究及患病风险的评估有参考价值,并提供更多参考数据。
1.通过外显子组测序法对结直肠癌(colorectalcancer,CRC)患者体细胞单个核苷酸变异(SNVs)、插入或删除(InDel)、高频突变基因(SMGs)、拷贝数目异常(CNVs)以及异常通路富集等多个参数进行统计分析,旨在探索CRC组织中基因组的新变异。
2.目前维生素D结合蛋白(vitaminDbindingprotein,VDBP)及25-羟基维生素D[25-hydroxyvitaminD,25(OH)D]与CRC的关系尚不明确,通过血清学法分析CRC患者术前和术后血清25(OH)D和VDBP水平与患病风险的关系。
【方法】
1.运用Illumina第二代测序的外显子组测序法对17例CRC患者的17组癌组织及癌旁正常组织进行测序,从而探索CRC新型体细胞基因组变异。通过dbSNP138、千人基因组SNP数据库、Hapmap数据库、COSMIC已知肿瘤体细胞突变数据库和esp6500变异数据库等注释,对变异结果进行筛选及分析。而高频突变基因则使用MuSic软件进行分析。
2.运用酶联免疫吸附法(Enzymelinkedimmunosorbentassay,ELISA)测定血清VDBP浓度和化学发光免疫法测定25(OH)D浓度;使用Pearson相关分析方法(Pearsoncorrelationanalysis)分析CRC患者血清VDBP与25(OH)D的关系;并通过条件Logistic回归分析血清VDBP或25(OH)D作为CRC危险因素的预测价值。
【结果】
1.在17例结直肠肿瘤中发现1637个体细胞SNV位点,仅7个为多肿瘤共有SNV位点,即超过99%SNV是单肿瘤变异位点。其中位点KRASp.G12D和ZNF717p.L39V突变频率最高。另外,我们发现10个高频突变基因,包括KRAS、TP53、SMAD4、ZNF717、FBXW7、APC、ZNF493、CDR1、ARMC4和SUMF2,而ZNF717、ZNF493、CDR1、ARMC和SUMF2是新发现的CRC高频突变基因。在拷贝数异常分析中,染色体10q25.3、1p31.1、1q44、10q23.33、11p15.4和20q13.33的增加及3q21.3和3q29的缺失频率最高。
2.CRC患者术前和术后的血清25(OH)D浓度明显低于正常对照组(P<0.05),而术前和术后血清VDBP浓度均明显高于正常对照组(P<0.05)。肿瘤分期越高(III-IV)、淋巴结受累越多的患者术后血清VDBP水平越低。男性患者及直肠肿瘤患者术前和术后血清25(OH)D水平较高。我们的结果显示术前血清VDBP是CRC的危险因素(OR=13.264;CI=1.72-102.28;P=0.013)。然而CRC中血清VDBP与25(OH)D无相关性。
【结论】
1.新发现的高频突变基因ZNF717、ZNF493、CDR1、ARMC4和SUMF2以及染色体10q25.3的增加可能与结直肠癌的发生发展有关;高水平的独发单核苷酸变异证实了结直肠癌的高异质性;不同患者的突变基因位点可能存在显著差异,这也可能给临床治疗带来更大的挑战。
2.血清25(OH)D和VDBP浓度均与结直肠癌有关,且与CRC患者的临床和病理特征有一定相关性,血清25(OH)D和VDBP可能对今后CRC的发病机制的研究及患病风险的评估有参考价值,并提供更多参考数据。