生物学家和人类学家可以用大量的例证告诉我们，自然界和原始社会中，合作互助是一个普遍的现象。但是人类基因中的这种良好习惯遇到了当今的理性思维的时候，遭遇了极大的挑战。塔克于1950年提出的囚徒困境问题，困扰了所有的社会学家和道德学者，合作是一个对整体占优的策略却在理性的思考下被挤到了最不稳定的境地上。人类的理性思维和团体效率成了一对严重的冲突。 企业管理的各种学说一直致力于提高管理效率，当人们逐渐放松经济人假设，把管理重心从硬件建设转移到诸如责任感、激励、企业文化等软件建设上时，却在企业各阶层处处发现囚徒困境的影子。员工与员工之间不能互相诚实以对，无法互相合作，上司与下属之间无法目标一致，共同努力，团队与个人之间存在着搭便车，卸责等难题。对如何解决个体理性和集体非理性导致的管理两难成了企业管理者的一大难题。 博弈论的出现为解决这一难题提供了新的工具。它基于纯粹理性和最大化效用的原则下，将管理困境难题当成一个数学过程来求解。本文借用博弈论工具从最基本的公理假设出发，运用严格的逻辑推理和数学运算对管理问题从两个方面求解。一个方面是管理的横向困境解析，即致力于解决平等地位的员工之间的合作问题。本文得出破除囚徒困境的关键因素为针锋相对策略的正确使用。并给出一系列分析过程证明这一策略的运用。具备善意、宽容、强硬、简单明了等特点的人，在长期的竞赛中将总会是赢家，企业可以通过企业文化的建设，塑造具备这些特点的人，来破除企业内部横向合作的囚徒困境。本文研究的另一个方面是企业内部管理的纵向困境，主要内容集中于委托—代理理论的基础上求解最优合同。文章分析了计件工资的特点，重点介绍了油锅合同的优缺点。最后文章在“俗定理”的分析基础上，提出只有人类回归本性，回归基因中的合作倾向才能真正的达到和谐合作的状态。作为管理者，掌握了企业最优秀最充分的资源，并具有权威性，只有管理者扮演好领导者角色，建立让人信服的承诺机制，管理困境才会被减低到最小破坏程度。