“一股一权”是我国一直坚持的原则,而区别于“一股一权”的双层股权结构是公司通过发行不同普通股,一种股份拥有复数表决权,另一种股份仅拥有单数表决权,赋予了管理层更高的表决权的股份,以较低的股份实现控制公司的股权治理结构。双层股权结构有其制度优势,满足新兴行业快速发展需要、有效避免敌意收购、维持公司决策持续稳定等等。近些年新兴快速发展行业很乐意采取此种公司治理模式,由于国内证券市场并不承认这种制度安排,他们为了融资纷纷远赴美国上市。阿里巴巴也因“湖畔合伙人制度”不符合现行交易所规则而无法上市,之后双层股权结构开始引起了关注。这些优秀企业赴美上市导致国内资本的流失,随着国内证券市场法律规范越来越完善,上海证券交易所在2019年开始允许采用股份表决权特殊安排(双层股结构)公司在科创板上市。可以说双层股权结构开始得到认可并实践,就现阶段如何适用双层股权结构,保护中小股东权益成为紧迫解决的难题,因为采用双层股权结构会给公司治理带来更多不确定的风险,所以有必要将重心放在中小股东权益保护上面。相比较证券市场环境成熟的美国,其拥有完善法律规范体系,专业的投资者,以及高效完备救济途径,这些都是西方证券市场适用双层股权结构的基础条件,但又是我国目前仍有所欠缺的。本文通过了解双层股权结构的发展曲折历程以及各国(地区)适用情况,结合我国目前公司治理状况,中小股东监管、救济等相关配套措施,探索如何建立一套完整的中小股东权益保护机制。首先,运用强制性条款规制公司和管理层的不当行为,并让中小股东参与章程约定该不当行为的责任;其次,强化对采用双层股权结构公司的监管,例如信息披露制度的完善、健全独立董事制度;最后,完善事后救济机制,例如引进集体诉讼制度、专门证券仲裁机构等等实现保护中小股东权益的目的。在完善的制度保障下充分发挥双层股权结构激励作用,使该制度的实施能够保护中小股东权益,在新时代为我国证券市场服务。