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基因芯片的分类有许多不同的方法,根据探针的来源、长短和制作方法可分为cDNA芯片和寡核苷酸芯片两类。 cDNA芯片是一种获得基因功能信息的高通量的方法,可用于表达差异的检测,cDNA芯片直接利用cDNA克隆库制备芯片,通过点样仪在一块显微镜载玻片上点上几百至几千个固定的DNA探针,以类似于Northern blot和Southern blot的方法进行杂交。 寡核苷酸芯片的制作技术有多种,其中有两种最具代表性,一种以Affymetrix司的光控合成为代表;另一种是合成后再交联到基质上的方法,与cDNA芯片的制作类似。 两种芯片的技术过程均包括4个步骤:1.DNA方阵的构建;2.样品DNA或mRNA的准备;3.分子杂交;4.杂交图谱的检测和分析。 由于受价格、芯片制作技术、可靠性等因素的影响,限制了基因芯片的实际应用和推广。因此本研究以玻片为基质,以两种芯片的制备、优化研究为重点,并在端粒酶、肿瘤细胞多药耐药性相关基因、细胞色素氧化酶2D6C(CYP2D6C)和2C19(CYP2C19)SNP芯片检测等方面进行了初步应用研究,为以后芯片在相关领域的研究奠定基础。 在第一部分研究中,主要研究内容包括: 一.cDNA芯片的制备、优化及端粒酶的芯片检测 在这部分研究中,重点研究了影响芯片固化效率的各种因素。研究发现醛基化玻片具有固化效率高、背景低的特点,适用于研究;固化效率受多种因素影响,这些因素包括:探针5’端氨基修饰、探针长度、点样液、探针浓度、杂交温度、杂交时间及紫外交联等,实验中分别进行了优化; 在端粒酶的芯片检测中,首先克隆了β-actin作为管家基因,6种常见肿瘤细胞的端粒酶芯片检测结果显示MCF-7和HT-2细胞株的端粒酶基因表达量较高,在此基础上进一步测定了大肠癌患者的临床标本,12个标本中,有11个表达量增高。 二.肿瘤多药耐药细胞基因表达谱芯片初步研究 在此部分研究中,通过LY980503对MCF/DOX作用表达谱的研究,结果发现:320个基因中有8个基因有变化,其中7个基因表达降低,这7个基