西部大开发以来，在我国经济持续、健康、快速发展的大背景下，新疆也呈现出良好的发展势头。一直以来为了配合国家西部大开发战略的实施，自治区政府一直采取鼓励天山北坡经济带优先发展的非均衡产业政策，新疆南北疆之间经济发展水平，人民收入、生活水平，基础设施建设水平的差距逐渐增大，近年来新疆区域经济差异已经超出警戒线水平、新疆区域经济发展的马太效应初显，日益扩大的区域经济差异会阻碍新疆经济的协调发展，同时对新疆乃至全国的稳定造成威胁。新疆座谈会后新疆面临着前所未有的发展机遇，中央宏观经济政策支持，19个经济发达省份全面援疆，又时逢新一轮的全国性产业转移高潮。各区域、地州需要结合自身实际制定不同的产业政策，进行差异化的产业结构调整。因此全面、深入、系统的研究新疆区域产业结构差异，总结各区域产业结构特点，对实现新疆区域协调发展、实现新疆跨越式发展有重要参考价值。过大的区域差距是导致国家、地区不稳定的重要因素。在区域经济增长中，结构因素是重要的增长源泉，产业结构差异会导致区域经济增长速度和质量的差异。本文在这一基本认识的基础上，首先探究了南北疆各自的产业结构形成条件与现状特征；其次运用空间计量经济学的部分指标与分析方法分析了南北疆产业结构的演进过程，以及演进过程中呈现出的空间差异；第三、应用实证分析的研究方法从转换速度与方向、转化能力与转换效益三个方面对南北疆产业结构转换差异进行了分析；最后粗浅的提出了旨在促进南北疆协调发展的产业结构调整政策。通过分析，本文得出以下结论：（1）当前南北疆三次产业结构特点鲜明，农业南疆地区发展势头强劲，发展潜力巨大；第二产业呈现出“南建北工”的特点；第三产业发展北疆地区质量更高，南疆地区存在着一定程度的“虚高化”。（2）南北疆产业结构演进受区位条件、经济基础与区域资源类型等条件影响，呈现出不同的演进路径与特点；新疆各地州产业结构的演进过程具有较强的空间正相关性，部分地州产业结构具有较强的空间依赖性，此类地州发展务必需以区域角度出发，考虑区域整体发展。（3）从产业结构转化的角度来看，新疆产业结构转换能力存在着较明显的“北高南低”特征。就产业结构转换的速度而言，北疆地区三次产业结构调整更加均衡，天山北坡经济带各地州已经具备了相应的经济基础，产业结构调整的“结构红利”较为明显；南疆地区（除巴音郭楞蒙古自治州外）虽然保持了较高的产业结构转换速度，但这种高速缺乏相应的经济基础，所以并没有带来相应的经济高速发展，夯实经济基础，提高产业结构转换能力应是其当前产业结构调整的主要目标。