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开展我国黑木耳主要栽培菌株分子指纹分析研究，客观评价我国黑木耳栽培菌株种质资源的遗传多样性，掌握不同栽培菌株的鉴别方法，是充分保护和利用黑木耳种质资源，开展黑木耳良种选育，保护黑木耳品种知识产权，加强黑木耳菌种质量管理的基础。本研究从全国范围内收集了黑木耳34个主要栽培菌株，应用同工酶技术和DNA标记技术(ISSR、SCAR和SRAP)进行了栽培菌株分子指纹分析。主要研究结果如下： 1．34个供试栽培菌株的酯酶同工酶分析结果，共检测到了113条酯酶同工酶谱带，各个菌株具有2～6条不等的酶带数，多数为2～4条，共有20个酶谱类型，其中部分菌株之间的酶谱相同。聚类分析结果，在71％的相似水平时，供试的34个菌株可以归为3大类。部分菌株之间相似系数甚至为1.0，显示它们亲缘关系很近，这些菌株可能为同物异名，需要从多个方面予以比较鉴别。 2．在对扩增体系进行正交优化的基础上，应用筛选出的13个多态性引物对34个菌株基因组进行PCR扩增，共产生129条DNA带，96.9％呈现多态性，平均每个引物扩增出9.9条带。从129条DNA带中选择32个最佳的ISSR标记谱带，构建了34个供试菌株的ISSR指纹图谱模式图，并将其计算机化。试验表明ISSR标记技术可以快速、灵敏、准确地应用于黑木耳栽培菌株的鉴别。 3．对ISSR扩增结果进行分析获得6个菌株的8条特异性条带，将其中分别来自供试菌株173(引物P4)和186(引物P16)的2条特异性带，通过回收克隆并测序，应用软件Primer Premier5.0设计SCAR标记引物对，成功地将它们转化为SCAR标记，用于对菌株173和186进行特异性鉴定。这些SCAR标记的建立，为黑木耳栽培菌株的鉴定提供了准确可靠和迅捷方便的新途径。 4．利用11对SRAP引物组合对34个菌株基因组进行扩增，共扩增出154条DNA带，其中具有多态性带148条，占总带数的96.1％，平均每组合引物扩增出14.0条带，显示出比较高的多态比率。聚类分析结果在一定程度上与ISSR标记基本一致，表明SRAP标记也可以作为黑木耳菌株分子指纹分析的有效技术手段。 5．两种DNA指纹分析结果表明，在一定相似水平上，34个菌株可聚为三大类：第一大类栽培菌株主要从东北地区收集，还包括河南和北京的少量菌株；第二大类主要是长江流域及其以南地区收集的菌株，但亦包含来自北方的部分菌株；第三大类主要包括菌株9809、139和8129。该结果一方面表明我国黑木耳栽培菌株引种频繁，另一方面也表明我国黑木耳栽培菌株可能主要来自于野生菌株驯化，东北地区的栽培菌株遗传背景比较单一，而其它地区栽培菌株交流更为频繁。另外，菌株黑29和长白山7号，东A-1与东A-2，139和8129，燕耳K3和薛坪10，C21和C22等菌株两两之间的相似系数较高，表明它们的亲缘关系接近，极可能为同物异名。