随着我国创新型国家的建设,科研活动将日益增多,高等学校科研项目规模也会越来越大,高等学校科研经费管理是学校管理的一项主要内容,而且科研项目经费管理的水平和程度直接制约着科研管理水平。因此正确认识加强高校科研财务管理的重要性,分析科研财务管理面临的问题,构建完整系统的科研经费管理体系,提高科研经费使用效率,并积极探索加强科研财务管理的有效措施,成为高校财务管理者面临的新课题新挑战。本文主要旨在通过以A高校为例,研究与分析其科研经费管理模式及运作流程的现状,系统的归纳该高校科研经费管理模式现在面临的问题,并深入分析其产生的原因,通过借鉴国外成熟的科研经费管理理念,完善A高校科研经费管理体系。有效地支持科研项目全过程管理,优化目前高等学校科研经费管理模式,准确反映高校科研项目的实际运行状况,将高校科研经费管理扩展为事前、事中及事后的全面控制管理,从而解决A高校科研经费管理制中的问题,来提高高校科研经费使用效率,使得用最少的科研成本完成科研项目,保证新形势下高校科研工作的顺利进行,使其产生更好的社会、经济效益。