近年来，如何提高政府科技资金的使用效率，发挥政府科技投入对社会资金的杠杆效应成为政府和民众所关注的重点。科技财政只有合理配置才能最大地激发企业研发热情，提升企业科技创新能力，促进整个社会的科技进步。　　基于以上背景，本文重点解决两个问题:一是科技财政如何配置才最有利于我国科技发展？二是科技财政与企业R&D投入比例为多少才能最大程度激发企业的研发投入？针对以上两个问题本文采用系统动力学的方法，构建包括企业、高校、科研机构在内的科技财政系统动力学模型，应用1995年-2008年的科技统计数据实现系统动力学模型量化。通过模型仿真，探究了科技财政在企业和高校-科研机构之间的配置结构、知识扩散、专利保护对企业R&D投入、企业R&D能力以及发明专利的影响，同时，也通过模型测算出了较为适宜的科技财政与企业R&D投入比例。　　研究结果表明:配置给企业的科技财政占科技财政总量的34％为宜;科技财政与企业R&D投入的比例为40％为宜;加强知识扩散和专利保护有利于我国科技水平的进步。