目前,我国经济社会发展呈现新常态,给公共财政带来新挑战,预算绩效管理也将走向常态化,并成为新常态下公共财政改革一个重要发力点和发展方向。新修订的《预算法》要求公共财政预算绩效管理应贯穿预算活动全过程,其实施将引领我国公共财政预算管理迈向新常态――预算绩效管理。而作为公共财政支出重要组成部分的财政专项资金,由于其点多、面广、线长、量大,并且在其分配过程中难以避免地会产生部门和个人权力寻租的机会,其资金绩效状况备受社会关注。而随着绩效预算的逐步推行,近年逐步探索中的绩效审计的广泛开展将提上重要议事日程。20世纪40年代,绩效审计便在西方发达国家得到有效的理论探索和实践,并在80年代得到快速发展。但在我国,虽然80年代便有绩效审计概念的提出,但直至2002年绩效审计才真正在我国深圳付诸实践,之后在工程项目绩效审计、企业绩效审计、环境绩效审计等领域均作了有益的实践探索,并逐步延伸至财政专项资金领域。财政专项资金绩效审计是指对财政专项资金的绩效预算执行情况,以及财政专项资金使用的经济性、效率性、效果性的审计和评价。目前我国财政专项资金绩效审计的理论体系和实践框架尚未有系统性的研究,由于财政专项资金的上述特征和受关注的程度,新常态下对财政专项资金绩效审计的研究,具有相当的迫切性,也具有重要的理论及现实意义。本研究在借鉴国内外开展财政专项资金绩效审计实践经验的基础上,基于科学性与可操作性相结合、定性与定量相结合、长期效益与短期效益相结合的原则,以组织体系和技术体系为重点,尝试构建财政专项资金绩效审计体系。组织体系涉及绩效审计的主体、对象、范围、程序、流程以及报告和结果的运用。技术体系涉及方法体系和指标体系,本文试图以“公共产品绩效结果为导向”,探讨财政专项资金绩效审计方法论及应用方法,并运用到指标体系构建中。同时,结合具体案例,进一步阐述财政专项资金绩效审计体系的具体应用,为开展财政专项资金绩效审计提供技术支持。本研究最后分析绩效审计与传统财务收支审计的联系与区别,以及目前我国开展财政专项资金绩效审计存在的问题和制约因素:包括绩效审计理论界限不清晰、法律法规体系不健全、绩效预算不规范、业务数据不完整、缺乏评价标准和指标体系、审计队伍能力不能适应要求、审计成果利用途径不畅通等。最后对进一步完善财政专项资金绩效审计体系提出了建议:包括厘清绩效审计与财务审计的关系、建立健全绩效审计法律法规体系、推进绩效预算的规范化、推动信息化建设和基础数据库的建立、建立健全绩效评价标准和指标体系、加强审计队伍能力建设、提升对绩效审计成果的提炼和应用等。