本研究根据联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的13个微卫星标记,以ABI3100-Avant全自动基因序列分析仪为平台,结合荧光-多重PCR技术,对6个中国地方水牛品种(德昌水牛、兴隆水牛、富钟水牛、温州水牛、东流水牛、福安水牛)和2个引进水牛品种(摩拉水牛、尼里-拉菲水牛)进行遗传结构分析。通过计算遗传杂合度、多态信息含量、奈氏遗传距离和奈氏标准遗传距离,采用邻近结合法和非加权组对算术平均法进行聚类分析和群体遗传结构分析了8个亚洲水牛群体内和群体间的遗传变异,结果如下:8个水牛群体在13个微卫星座位中共检测到157个等位基因,其中7个群体具有各自的特有等位基因,其和为23;该8个群体在13个微卫星座位的等位基因数在4.46-8之间,有效等位基因数在2.2908-4.2308之间,杂合度在0.4951-0.7194之间,多态信息含量在0.4495-0.6776之间。总群体在13个微卫星位点上的基因多样度在0.6301-0.8897之间,平均为0.7671;亚群体的基因多样度在0.4519-0.8062之间,平均为0.6579,低于总群体杂合度;基因分化系数平均为0.1424。在总变异中,有14.24%的变异来自群体间。13个微卫星座位中,除ILSTS033和CSSME070座位为中度多态性座位外,其余11个座位为高度多态座位,是适合分析水牛遗传多样性的多态标记;2个引进水牛品种与6个国内水牛群体之间的遗传距离较远。国内群体中,无论在奈氏遗传距离(DA)还是奈氏标准遗传距离(DS)中,德昌水牛与福安水牛距离最远,东流水牛与富钟水牛距离最近。聚类分析表明8个亚洲水牛群体聚为3大类,第一大类有:富钟水牛、东流水牛、兴隆水牛、温州水牛和福安水牛;第二大类德昌水牛独自聚为一类;第三大类:两个引进品种聚为一类。