系统性红斑狼疮血浆差异表达的环状RNA的筛选与验证研究

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研究背景系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是自身免疫性疾病的一种,症状累及全身多个系统和多个器官。研究已经表明SLE的发病与遗传因素有关,包括编码蛋白基因和非编码基因。以往的研究认为只有编码基因在疾病的发展中发挥重要作用,极少关注非编码基因,尤其是非编码RNA(non-coding RNAs,nc RNAs),包括能够作为一些疾病诊断的新的生物标志物的微小RNA(micro RNAs,mi RNAs)、环状RNA(circular RNAs,circ RNAs)和长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lnc RNAs)。circ RNAs为内源性闭合环状,由前体m RNA下游序列(3’端)反向的与其上游的RNA序列(5’端)反向剪切形成,主要参与调控靶基因的表达、基因转录和蛋白质生成。由于circ RNAs具有显著的稳定性和高的保真性,因而与mi RNAs和lnc RNAs相比,circ RNAs更有希望成为临床诊断和预后的生物标记物。研究已经表明circ RNAs在人类多种疾病的发生和发展中发挥着重要的作用,并且circ RNAs能够在血浆中稳定存在,可作为肿瘤、2型糖尿病等疾病早期筛查的生物标志物。近期研究发现,在SLE患者的外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)和血浆中存在大量异常表达的circ RNAs,异常表达的circ RNAs可能成为SLE诊断的生物标志。然而,目前在SLE中关于circ RNAs的研究还有限。目的首先通过circ RNAs高通量的芯片技术筛选SLE患者血浆中异常表达的circ RNAs,然后进行独立验证,并评估差异表达的circ RNAs作为辅助诊断SLE的生物标志物的价值。最后,探索差异表达的circ RNAs潜在的内源性竞争RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)。方法本研究采用病例对照设计,首先收集SLE患者和健康对照血浆各4例,利用circ RNAs芯片检测血浆circ RNAs的表达谱,筛选差异表达的circ RNAs。然后扩大样本量进行验证,另收集122例SLE患者和102例健康对照的血浆标本,同时从上述病例和对照中收集26例SLE患者与26例健康对照的PBMCs。采用定量逆转录聚合酶链反应(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,q RT-PCR)技术,对从芯片中筛选出的3个差异表达的circ RNAs进行验证,并探讨差异表达的circ RNAs与主要临床指标的关联性。运用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析评价了单个差异表达的circ RNAs作为SLE生物标志物的诊断价值,然后运用Logistics回归分析构建预测SLE风险circ RNAs联合判别模型,以探讨其联合诊断价值。最后结合PBMCs中circ RNAs的q RT-PCR验证结果,我们使用Target Scan和mi Randa软件探索了三个差异表达的circ RNAs潜在的ce RNA。结果(1)通过circ RNAs芯片筛选建立SLE患者和健康对照血浆circ RNAs差异表达谱,共筛选出4 763个circ RNAs,与健康对照比较有112个circ RNAs表达差异有统计学意义(变化倍数>1.5,P<0.05),包括53个上调的circ RNAs和59个下调的circ RNAs。然后从中选择3个候选差异表达的circ RNAs进行进一步的验证。(2)q RT-PCR结果显示,在血浆中:SLE患者hsacirc RNA407176和hsacirc RNA001308的表达水平均低于健康对照,差异有统计学意义(Z=-2.563,P=0.010;Z=-4.169,P<0.001))。临床相关分析发现,SLE患者hsacirc RNA001308的表达水平与抗干燥综合征相关抗原A(anti-sj?gren’s syndrome-related antigen A,anti-SSA)抗体和C反应蛋白(C reactive protein,CRP)相关,差异有统计学意义(Z=-2.089,P=0.037;rs=-0.210,P=0.023)。ROC曲线分析显示,hsacirc RNA407176和hsacirc RNA001308的ROC曲线下的面积(area under the curves,AUC)分别为0.599和0.662,两者联合的AUC为0.665。在PBMCs中,SLE患者组hsacirc RNA407176、hsacirc RNA406567和hsacirc RNA001308的表达水平均低于健康对照组,差异有统计学意义(Z=-3.788,P<0.001;Z=-3.020,P=0.003;Z=-2.745,P=0.006)。临床相关性分析显示,白细胞减少的SLE患者hsacirc RNA001308的表达水平高于无白细胞减少的SLE患者,差异有统计学意义(Z=-2.333,P=0.020)。hsacirc RNA407176,hsacirc RNA406567和hsacirc RNA001308的AUC分别为0.806,0.744和0.722,三者联合的AUC为0.855。(3)通过预测得出hsacirc RNA407176、hsacirc RNA406567和hsacirc RNA001308分别有6、4和138个潜在的ce RNA,分别可竞争性结合141、323和62个不同的mi RNAs。结论(1)与健康对照血浆相比,SLE患者血浆中hsacirc RNA407176和hsacirc RNA001308的表达水平降低;SLE患者PBMCs中hsacirc RNA407176、hsacirc RNA001308和hsacirc RNA406567的表达水平均低于健康对照的PBMCs。(2)PBMCs中hsacirc RNA407176和hsacirc RNA001308较血浆中相应circRNA更有望作为鉴别SLE患者和健康对照的生物标志。(3)hsacirc RNA407176、hsacirc RNA001308和hsacirc RNA406567有可能作为ce RNA,影响mi RNA对靶基因的调控。
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