隐性超期羁押是指羁押期限虽未突破法律规定的上限,但办案机关在犯罪嫌疑人、被告人丧失羁押必要性后仍对其继续羁押的实质违法行为,它有悖于无罪推定原则和羁押比例原则。隐性超期羁押“隐”于合法羁押的表象中,很难通过专项治理活动予以纠防,这决定了隐性超期羁押的危害远大于显性超期羁押。刑事司法实践中,清理、纠正超期羁押,并不都是采用加快诉讼进程、加大释放力度等有利于保障被羁押者权利的方式进行,有相当一部分案件通过补办延长羁押期限通知书等法律手续,使原本违法的超期羁押具备“合法”形式。显性超期羁押并没有被根治,而是转为更难纠防的隐性超期羁押。在侦查阶段,办案机关往往因侦查取证等需要,对羁押期限进行不必要延长或重新计算。实践中申请延长和重新计算的理由繁多、次数频繁,审批层次多、手续繁杂,由此产生了严重的隐性超期羁押。在审查起诉阶段,由于缺少法定审批程序和外部监督程序,审查起诉期限不必要的延长产生隐性超期羁押；有些检察机关办案人员利用退回补充侦查制度借期办案,可能会对犯罪嫌疑人产生长达五个月或更长时间的隐性超期羁押；因改变管辖重新计算办案期限,使得犯罪嫌疑人羁押期限也随之重新计算,重新计算之前经过的羁押时间不受任何期限约束,形成隐性超期羁押。在审判阶段,审理期限的不必要延长、重新计算以及精神病鉴定不计入审限等都会对被告人造成隐性超期羁押。独立羁押制度的缺失是产生隐性超期羁押的根本原因,落后的司法观念及实践中的不当操作是产生隐性超期羁押的直接原因。我国羁押制度不独立主要表现在以下几方面：羁押审查、授权主体不具有司法性,羁押适用理由、审批程序与刑事强制措施合为一体,羁押期限依附于办案期限,羁押场所不独立等。延长或重新计算办案期限的法律漏洞,为隐性超期羁押的产生留足了空间。借期办案、用尽办案期限、不当延长办案期限,办案人员“以羁押为原则”,对嫌疑人、被告人“一押到底”等“潜规则”产生大量隐性超期羁押。有关刑期折抵的规定,使审前羁押带有强烈的惩罚色彩,而“以押代罚”的“潜规则”给隐性超期羁押披上了合法的外衣。中立性的司法救济机制的缺失,导致被羁押人很难通过法律途径对羁押的合法性、正当性及必要性等提出有效质疑,进而维护自身合法权益。检察机关对羁押制度运行监督不到位,是产生隐性超期羁押的另一重要原因。解决我国隐性超期羁押问题应当以完善立法为先导,构建独立的羁押制度,规定法官为羁押授权主体,规定独立的羁押期限,确立未决羁押场所独立性。严格遵守比例性原则,按照所涉罪行及预期刑罚轻重分别作出限制性规定,对羁押最高期限作出明确规定。对延长办案期限的情形作出具体解释说明；当办案期限需要延长或重新计算时,应当对持续羁押必要性作出独立的司法审查,羁押期限的延长必须经过法院羁押庭法官进行独立的司法审查后作出明确授权；取消现行法律规范中有关办案期限的弹性化规定。以规范司法实务操作为保障,引导司法理念的转变,明确羁押例外原则,加大羁押监督制度的实施力度,严格追究违法责任。进一步加大司法资源投入,加强办案人员职业能力培训,提高办案效率。在审判阶段,法官应当对先前羁押进行实质审查,若存在隐性超期羁押,则需要运用相应的超期天数计算公式得出隐性超期具体时间,按照一定比例予以折抵。不再通过判决有罪的方式“报销”超出审前羁押期限的羁押期间,为隐性超期羁押断绝退路。赋予被羁押人申请司法复查权的同时,建立定期复查机制,对未决羁押的合法性、必要性等进行持续、动态审查。从立法层面和实务操作层面两方面入手,切实有效地从根本上解决我国隐性超期羁押问题。