《黄帝内经》在思想实质上是一部道家的哲学著作,其哲学思想与先秦道家一脉相承,与《淮南子》同为汉初黄老道家的集大成之作,有一系统而完整的道家哲学思想体系。《黄帝内经》上承老庄以"道"为本的宇宙本源论,借鉴《管子》的"精气"说,以"气"释"道";在充分吸收《太一生水》篇与《淮南子》宇宙生成模式的基础上,以自己独特的"五运六气"学说,构建了一套系统而完整的气化流行的宇宙生成理论体系。可以说,《黄帝内经》的宇宙论是战国秦汉以来道家宇宙论的一次大总结和大发展。从道家宇宙论出发,《黄帝内经》提出了 "天人相应"的天人关系论,并从"天人同源"、"天人同构"、"天人同道"等三方面加以详细论证,将老子以至董仲舒以来的天人关系论发展到一个新高度。在人性论方面,《黄帝内经》从天人相应出发,认为人由天地阴阳二气交感而生;人所禀受之"气"的不同,先天决定了人的体质和性情的差异。《内经》又根据人体先天禀受之气的不同,对人的体质和性情作了详细划分,并以此为"因人制宜"地制定治疗方案的基础。与道家传统人生论相比,《内经》人生论的精髓在于其生命论,它主要包含三部分的内容:一是承继道家哲学传统,从形上层面揭示人类生命的本源;二是从医学角度对人体生命的起源与生命过程进行阐释;三是以道家精神养生传统为基础,结合具体医学原理,阐明修心养生之道。由此开启了中国独特的生命哲学。在《内经》生命论中,养生论处于极为特殊的地位,因为它是《内经》之"用",是《内经》作为一部医学哲学著作的价值关怀所在。《内经》的养生论同样脱胎于道家哲学传统,具体而言,就是道家"精神养生"的传统;所不同者,《内经》将道家之"养神"传统与医学层面的"养形"融为一体,将道家玄远抽象的养生理论落实到"形神兼养"的现实可操作层面,成为道家养生论的巅峰。《黄帝内经》以医载道,通过对道家宇宙论、人生论和养生论的扬弃,构建了一套完整的道家养生哲学思想体系,目的是引导人们回归"合同于道"的生活方式。对当代社会人类精神文明的重建具有重大的启示意义。