近年来,破坏生态环境重特大刑事案件频发,运用刑事司法手段对破坏生态环境犯罪行为进行有效打击,贯彻落实国家“实行最严格的生态环境保护制度”的顶层设计已经迫在眉睫。作为兼具重要刑事司法职能的行政机关,全国多个省(直辖市、自治区)的各级公安机关乃至公安部均相继设立组建了打击破坏生态环境犯罪的专职警种队伍,并取得了一定的治理成效。然而通过近年来的公安工作实践发现,公安机关在履行有关职能方面存在一系列问题,而且破坏生态环境犯罪不同于其他类型的犯罪,公安机关在进行打击时离不开与行政执法部门的衔接协作。本文在国内外对本课题研究的基础上,运用文献研究法、经验总结法和数据分析法,以滨州市公安机关食药环侦部门为主要研究对象,兼顾治安管理、森林警察等其他承担打击破坏生态环境犯罪职能的警种,通过中国裁判文书网中有关裁判文书的数据,对研究对象打击破坏生态环境犯罪和与行政部门联勤联动工作的现状、存在的问题以及问题产生的原因进行分析。在专职警种队伍设立组建的背景下,公安机关作为主要的刑事司法力量应当在打击破坏生态环境犯罪过程中发挥更重要的作用。然而当前公安机关在履行打击破坏生态环境犯罪职能方面存在打击效能不高、打击领域单一、重打击轻预防等一系列问题,而且公安机关与生态环境行政部门缺乏行之有效的衔接协作机制已成为制约公安机关履行打击破坏生态环境犯罪职能的“瓶颈”。公安机关应当首先合并相关警种部门进一步组建专职警种队伍,并加强队伍建设,提高经费和装备保障水平,从而提高自身履行打击破坏生态环境犯罪职能的能力。在此基础上由公安机关推动建立与生态环境行政部门以及检察机关的联勤联动工作机制,明确任务目标和启动条件,划分工作职责和经费保障责任,并建立联合办公、联席会议、信息资源共享等配套制度和外部监督机制保障工作机制有效运行。通过联勤联动工作机制地运行形成治理合力,充分发挥公安机关刑事司法手段在生态环境治理方面的优势,对政府有效履行生态环境治理职能,建立系统完整的生态文明制度体系,推动我国生态文明建设具有重要的作用。