战略性新兴产业的发展已经成为国际金融危机时期各国增强国际竞争力、抢占未来经济发展制高点的重要战略选择。“十二五”时期是我国发展战略性新兴产业的关键时期,其产业能否得到良性发展对于调整我国经济结构至关重要。研究目前的战略性新兴产业上市公司能否充分利用资本市场实现资源优化配置以及战略性新兴产业上市公司的资本结构如何影响其资金配置及利用对于整个产业的持续良好发展具有重要意义。本文首先对2009-2013年259家战略性新兴产业上市公司的融资效率进行测度和分析。通过对融资效率理论的相关梳理,选取合适的投入产出指标,运用DEA分析方法测度战略性新兴产业上市公司融资效率。然后,在准确选取反映战略性新兴产业上市公司资本结构的指标的基础上,采用回归分析方法,建立模型研究战略性新兴产业资本结构对融资效率的影响。实证结果表明,战略性新兴产业上市公司的融资效率未达到有效状态;其资本结构对融资效率的影响从整体来说,资产负债率、股权制衡度与融资效率正相关;国有股比例、股权集中度与融资效率显著负相关;分行业分析,生物产业、高端设备制造产业和新材料资本结构的所有指标对融资效率的影响关系与战略性新兴产业整体关系一致;节能环保产业股权制衡度、股权集中度与融资效率的相关关系与整体对应关系相反;新一代信息技术产业、新能源产业的股权制衡度与融资效率的相关关系与整体对应关系相反;新能源汽车产业资产负债率、股权制衡度、股权集中度与融资效率的相关关系与整体对应关系相反。根据研究结果,本文从加强企业内部建设、确定最优资产负债比率、优化股权结构和国有控股公司改革等方面提出了优化战略性新兴产业资本结构、提升融资效率的对策。