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白斑综合症病毒(White Spot Syndrome Virus, WSSV)是造成养殖对虾大规模死亡的主要病毒性病原。该病毒是一种大型双链DNA病毒,隶属于Nimaviridae科,迄今为止共有3个WSSV基因组全序列在Genbank上公布,分别为泰国株中国台湾株和中国大陆株。比对这3株全序列发现WSSV基因组中主要的可变区位点的差异方式可分为:缺失,重复单元数量差异,单核苷酸插入或缺失,单核苷酸多态性。本实验中采集到中国境内的13个WSSV地理分离株。设计出了针对每个可变区位点的特异性PCR引物,检测了这些分离株在倾向缺失的可变区位点ORF23/24,ORF14/15和可能的转座酶基因中的序列差异,ORF75,ORF94和ORF125中非同源重复区单向重复单元的数量差异以及重复单元中的SNP。结果显示,中国境内各地的WSSV来源是多重的,传播过程较复杂,通过人为活动传播的可能性较大。各个可变区在进化上是各自独立的。WSSV的致病相关基因主要类型有病毒囊膜蛋白基因,核衣壳蛋白基因,病毒复制过程的关键酶基因,细胞因子受体基因,潜伏相关基因,抑制宿主细胞凋亡机制的基因等,本实验中检测了8个致病相关基因在13个分离株中的序列差异,以及由此导致的蛋白氨基酸差异,结果显示,存在于这8个致病相关基因中的差异共三种情况:单核苷酸多态性,单核苷酸变异,单核苷酸插入。此结果为进一步研究各分离株的毒力差异奠定了基础。在本实验研究过程中,PCR为主要的技术手段,为防止PCR产物遗留污染,在本实验开始阶段曾考虑使用dUTP代替dTTP的dNTP混合物,但在实验过程中发现,使用此方法存在扩增极限长度,经实验证明,此极限长度为1400bp左右,并且在能够扩增的长度范围内,产物长度越长,结果越不稳定,且最适Mg2+浓度越低。鉴于本实验中需准确检测各分离株的序列差异,最终放弃使用dUTP。