在采用契约对供应链进行协调与优化的过程中存在复杂性,可能会涌现一些难以把握的复杂系统行为,使得制定有效的契约协调方案变得困难。这要求研究者和管理者必须改变观念、转变思路,更多地关注多主体行为以及他们之间的交互产生的复杂性。计算实验方法在研究社会、经济等复杂系统时已展现出其强大的优势,将计算实验方法应用于社会科学各个领域的研究将具有开创性的意义。供应链系统作为一类典型的复杂社会经济系统,其复杂性特性对其研究方法提出了一定的要求,而计算实验方法则可以较好的解决这一问题。本文主要采用计算实验和定性定量方法重点研究了供应链契约协调与优化的问题,主要结论有：(1)供应链采用契约进行协调与优化的问题是一个由人参与并主导的要素众多、关系层次错综复杂、目标功能多样的社会经济复杂系统问题,问题的认识与解决应该考虑系统管理和复杂性管理的思想与方法。(2)针对供应链质量管理中所面临的群体激励问题,将制造商对零部件的基本质量要求作为供应商的约束机制,将收益共享契约作为质量改进的激励机制,设计了批发价契约与收益共享契约相结合的菜单式合同。分析出制造商通过设置合理的报酬结构能够实现其收益与零部件质量的“双赢”；在此基础上,将公平偏好引入到多阶段群体激励中,研究了公平偏好对激励效果的影响。研究表明：不考虑公平偏好情况下能够取得较好激励效果的报酬结构并不适用于具有公平偏好的多阶段群体激励；个体的公平偏好对激励绩效会产生负面影响；制造商实行同一报酬结构在多阶段激励中难以维持高效率；仅针对单一激励力度进行调整或忽视激励力度间的协同均不能实现较好的激励效果。(3)针对由多个供应商和多个零售商所组成的结构可变的供应链网络,充分考虑了网络中的纵向竞争与横向竞争,分析了供应商均不采用协调策略、部分采用协调策略以及均采用协调策略三种情景下供应链网络的竞争绩效。实验结果表明当市场需求与零售价格相关且零售价格由零售商自主决策时,回购契约虽不能完美协调竞争环境下的供应链网络,却能够在一定程度上改善供应链绩效并增加系统收益稳定性,网络中各主体均有采用回购契约的动机：而当零售商的产品零售价格固定时,在不同的协调情景下,供应商采用协调策略对于其零售商客户及供应链均为占优策略,零售商更换供应商的成本将会影响供应商的收益以及采用协调策略的积极性,供应商应通过调整契约参数重新分配供应链因协调而产生的收益。此外,本文还研究了市场需求不确定性对不同协调情景下各主体收益的影响,市场需求不确定程度越大,采用回购契约的协调效果越好。(4)构建了制造商通过销售回馈与惩罚契约来对具有不公平厌恶心理偏好的零售商群体的销售努力进行激励的计算实验模型,研究了零售商的不公平厌恶心理偏好以及零售商之间的行为外部性对激励效果产生的影响,并将EWA算法引入到制造商动态调整奖励与惩罚力度过程中以改善自身收益,为制造商在多周期激励过程中合理利用零售商间的行为外部性、合理制定奖惩力度提供理论依据。实验结果表明：零售商的不公平厌恶心理会对激励效果产生负面的影响；制造商设定的销售目标越高,不公平厌恶心理的负面影响就越大；当某零售商的销售量一旦低于目标销售量而遭受惩罚时,其会导致该零售商加剧不公平感知从而降低销售努力水平的路径依赖,导致制造商利润下降的主要原因是被惩罚零售商群体为其所带来的渠道利润降低；制造商在激励过程中应该更加重视被惩罚者的不公平厌恶心理：制造商应采取措施尽量使零售商之间销售行为的外部性保持较低程度；在多周期激励过程中,制造商采用动态激励方式会优于保持奖惩力度不变的静态激励方式；动态调整奖惩力度会极大程度影响被奖励零售商群体的销售努力水平,但并不会影响被惩罚零售商销售努力水平的演化趋势。(5)针对现实情况下供应链的竞争绩效问题,充分考虑链与链间的纵向竞争与横向竞争,构建出需求不确定环境下采用不同契约组合的四条三阶层竞争供应链的计算实验模型。从收益均值及收益稳定性两方面分析了消费者价格偏好、服务需求偏好以及市场需求不确定性对基于不同契约组合的供应链及相关成员竞争绩效的影响,旨在为复杂市场环境下多阶层竞争供应链选择合适的契约组合方式提供新的理论依据。研究表明不同的契约组合对供应链的协调效果基本一致,在影响供应链整体收益及收益稳定性方面差异性不大,但对于链内成员的利润及利润波动的影响存在差异。