我国长期以行政手段配置水资源,导致水权的财产权属性不明晰,水资源使用权人节约用水的内生动力不足,水资源利用效率低下。我国急需运用市场化手段优化配置水资源,实现水资源最有效利用。发挥市场配置作用、助推水权交易的重要前提是水权的确权登记。水权登记制度演进的逻辑基础辨析和水权登记制度的价值考察系水权登记制度研究的起点。我国现行水权登记局限于水行政管理目标,以市场化手段提高配置水资源效率的制度规范缺失。具体而言,以取水许可落实水权归属,实际上是以管理权代替所有权,以至于水权财产属性不明显,水权资产功能受限。水资源市场化配置需求使重构水权登记制度成为必然。一方面,水资源有偿使用需要发挥市场机制功能,有效发挥市场机制作用则需要通过水权登记明晰水权。另一方面,重构水权登记制度对政府全面掌握水资源利用信息有效管理水权,明确和宣示水权归属保护水权,落实水资源有偿使用维护国家所有者权益,以及便于水权取得优先位序规则的实施明确用水顺序等方面具有重要的法律意义。水权登记制度的价值考察主要从水权登记制度不同于物权登记制度和水权登记制度具有独立于取水许可制度的价值两方面分析。学界关于水权登记制度的研究都是以水权属于物权范畴作为逻辑起点。故本文从水权性质入手剖析水权与物权的本质区别,从水权与物权法基本原则的冲突角度论证水权无法为物权登记体系所涵盖,以此论证建立一套新的水权登记制度的合理性。通过分析水权登记制度具有相较于取水许可制度的独立价值,论证探索水权登记制度和取水许可制度并行的水资源管理机制的必要性。登记作为政府行政行为,对自然资源产权的作用是明确产权,故水权登记制度的法律效力首先表现在对初始水权的确认与证明效力。虽然学界关于水权转让应采登记生效主义还是登记对抗主义各执一词,但是出于方便水权有效管理和水权交易安全考量,水权转让采登记生效主义为宜。作为国家行政机关的水权登记机关,以国家信誉为保障,使得水权登记具有取得社会一体信服的法律效力,这种法律效力就是国家公信力。通过对智利、墨西哥、澳大利亚、南非等国家的水权登记立法经验进行全面梳理和比较分析,总结出其对我国水权登记制度设计的启示,并提出在我国水权登记制度设计中,应将水权登记作为运用市场化手段优化配置水资源的前提;水权登记薄不仅应记载水资源使用权人的权利,还应明确与之相应的义务;水权登记应充分考虑信息公开化和大数据建设,注重同不动产登记和自然资源统一确权登记的有效衔接。随着水权确权登记试点的开展,“哪些水权需要登记”“谁来登记”“登记什么”等已成为亟待解答的现实问题。水权登记范围的确定、水权登记机构的设定以及水权登记薄的设置等问题亟待立法予以统一、明确的回应,这些迫切需要相关理论研究予以指导。由于我国未建立水权登记制度,相关理论研究亦不够充分。在地方试点实践中,各地对水权登记范围的规定没有统一标准。水权是一个集合概念,包括一系列的下位权利,但并非所有水权都需要登记。本文从登记成本和必要性方面对区域水权、取水权、水权使用证上的权利（灌区用水户水权和农村集体水权）、公共供水管网用水户水权、使用水域从事养殖和捕捞的权利和水体排污权是否能够纳入登记范围进行分析,明确水权登记范围主要包括取水权和农村集体经济组织水权。关于水权登记机构的设定,世界上存在两种模式:行政机关作为登记机构和法院作为登记机构。我国一直采取行政机关作为登记机构的模式,但是由统一的自然资源登记机构登记还是由水行政主管部门进行登记还有所争议,从水权确权登记试点的做法并兼顾减少改革阻力以及登记成本来看,以水行政主管部门作为水权登记机构具有合理性。这并非与统一登记发展趋势背离。随着科技的发展,运用信息化技术将分别由不同部门登记的信息数据库对接,形成相对完善的水权登记系统成为可能。关于水权登记薄的设置问题,水资源具有流动性,故水权登记不应过分强调水权的具体形态,要综合考虑水资源的自然特性和财产属性多维度进行界定。学界关于如何界定水权提出了不同的标准,实践中主要是从取水地点、水权使用期限、取水量和水资源用途等方面确定水权。此外,水权的取得方式,即初始水权和继受取得的水权也是登记薄记载的重要内容,这一方面便于保障水权交易安全,另一方面也便于掌握全面水权信息,以期实现水权的有效管理。水资源的生态属性决定了水质也是影响水权行使的重要因素,也应记载于水权登记薄上。水资源承载的生存保障功能和生态维护功能决定了水权登记薄除了记载水权归属和权利变动等基础信息外,还应包括水权管理信息,明确权利人应承担的保护水资源的义务。