在几十年的司法实践里,法官一直以成文法作为裁判依据。不过,行政惯例的司法适用率在近几年一直保持着上升的态势。笔者通过筛选、分析裁判文书的方式,发现行政惯例已经在司法实践中占据了一席之地,并有愈演愈烈之势。虽然行政惯例的司法适用存在一些问题,但最高人民法院通过发布典型案例的方式试图奠定一个“可以适用”的基调。司法机关在无相关立法的情形下先行适用行政惯例,这已形成一个不争的事实。行政法学界对此现象也开始做出回应。我国行政法法源理论观点几经变迁,最终将行政惯例纳入不成文法源之中。现代法源理论认为,行政惯例作为不成文法,位阶应当低于成文法。结合《立法法》、《行政诉讼法》及其司法解释,行政惯例应具有一个较高的效力位阶。但从法律规定的意义上讲,其位阶应当低于指导性案例。通过主流观点梳理与位阶的界定,我们发现行政惯例具有司法适用方面的法理基础。由于作为不成文法源的行政惯例具有弥补成文法之不足、提高行政效率等诸多价值,我们应当在重新审视行政惯例在司法实践中的作用。然而,行政惯例的司法适用遇到了理论与实践的双重困境,包括形式混乱、效力不明、诉讼地位不确定、司法审查标准不统一和相关配套制度欠缺。这些混乱的情况阻碍着行政惯例的司法适用。因此,基于司法适用的现实需要,本文尝试解决行政惯例在司法适用中的困境,最终针对性地提出了五大方面的建议。本文分为以下四个部分:第一部分,司法案例中行政惯例。该部分详细分析五个涉行政惯例争议的典型案例,说明适用行政惯例在司法实践中已形成事实,并深入思考行政惯例实践中所存在的问题。第二部分,行政惯例的法源地位及其位阶。该部分从梳理行政法源理论主流观点入手,论证了行政惯例的法源地位已经具备理论基础,并详细论证了行政惯例的效力位阶。第三部分,行政惯例适用的困境及其原因分析。结合第一、二部分,归纳出行政惯例司法适用在理论和实践两方面的问题,并作出原因分析。第四部分,行政惯例司法适用困境的出路。笔者针对第三部分的问题从行政惯例司法适用的位阶和效力、司法审查、适用方式、配套制度等方面寻找排解困境的出路。