随着我国经济和社会的进步，跨行政区水污染问题不断出现，严重影响了我国经济和社会持续健康发展。流域水污染是跨行政区水污染的一种重要形式。通过对流域水污染治理的剖析，可以发现跨行政区水污染治理中存在的问题，并探索其改进的途径。　　太湖流域是我国经济最发达和最具活力的地区之一，也是水污染最严重的地区之一。国家很重视太湖流域水污染治理工作，开展了多次较大规模的整治运动，取得了一定的成效，但并没有从根本上改变太湖水污染的严峻形势。太湖流域水污染没有实现根本性好转的原因有很多，既与粗放的经济增长方式有关，也与人们落后的生活方式有关。然而，国内外水污染治理的经验表明，流域水污染治理的关键在于流域水污染治理体制。目前，太湖流域“多龙治水，无人负责”的现象反映了当前我国跨行政区水污染治理体制的困境——流域统一治理与行政区域分割治理之间的矛盾。　　现行太湖流域水污染治理实行“流域管理与行政区域管理相结合”，“统一管理与分级、分部门管理相结合”的体制。这种管理体制在实际运行中缺乏权威性的综合利益协调机制，产生了“地方利益与流域利益相冲突”，“分割管理与统一管理”相抵触的现象。“条块分割，多头治理”的水污染治理体制成为太湖流域水污染治理工作的瓶颈所在。要实现太湖水污染治理的实质性突破，必须改革现在的流域水污染治理体制，建立更高层次的流域协调机制。本文对太湖流域水污染治理体制现状进行了剖析，分析了其体制障碍和弊端。在此基础上，阐明了我国跨行政区水污染治理的体制困境，并探究了其原因。最后，在借鉴国际跨行政区水污染治理成功经验的基础上，对构建我国新型的水污染治理体制进行了探索。