黑颈长尾雉(Syrmaticus hunaiae)属于世界珍稀濒危雉类，分布范围狭窄，近年来黑颈长尾雉种群分布范围和种群数量不断锐减，已被列为国家Ⅰ级保护动物，国际濒危物种贸易公约(CITES)附录Ⅰ，世界保护联盟(IUCN)将其定为近危种。　　本研究是以黑颈长尾雉野外种群和饲养种群的羽毛为材料，从分子水平来确定云南国家级自然保护区大中山的黑颈长尾雉和濒危雉类繁育基地人工饲养的个体之间的亲缘关系，为黑颈长尾雉的迁移扩散格局和生境选择提供分子水平的依据。并从分子水平对黑颈长尾雉种质资源的现状进行评估，为其种质资源的合理保护、持续利用以及种质遗传改良提供科学的理论依据。主要研究结果如下:　　(1)使用ISSR技术对黑颈长尾雉圈养种群和野外种群进行研究。利用100条随机引物对8只圈养、13只野外，共21只黑颈长尾雉个体的DNA进行扩增，发现有7条引物扩增条带重复性好，条带清晰、特异性强、数量丰富。进行PCR反应之前，对反应成分和反应程序进行筛选，增强ISSR-PCR反应的稳定性。　　(2)通过Popgene软件计算出21只黑颈长尾雉个体的等位基因数Na=1.9072，有效等位基因数Ne=1.5531，多态性比率为90.72％，Neis基因多样性指数(He)为0.3251，Shannons信息多样性指数(I)为0.4844，群体总基因多样性(Ht)为0.3123，群体内基因多样性(Hs)为0.2787，遗传分化值(GST)为0.1077，基因流(Nm)为4.1446，黑颈长尾雉的遗传距离的范围是0.2500-0.4400，说明黑颈长尾雉群体的遗传多样性水平比较高，而且圈养种群的遗传多样性水平明显低于野外群体的遗传多样性水平。各项指标都表明黑颈长尾雉群体有着较高的遗传多样性。　　(3)通过NTSYS-pc2.10e软件计算其个体间遗传相似系数，对黑颈长尾雉的21个个体进行了聚类分析，初步了解了黑颈长尾雉的遗传结构，为黑颈长尾雉的野外保护及人工繁育提供了新的依据。