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近年来随着分子生物学技术的迅速发展，从分子水平对微生物的群落结构进行研究己经成为可能。PCR(聚合酶链式反应)、RFLP(限制性片段长度多态性)技术的建立和DNA测序技术的不断完善以及这些技术的融合产生了一种全新、快速、有效的微生物群落结构分析方法，即T-RFLP(末端标记限制性片段长度多态性)。该方法有传统方法无可比拟的优越性，它建立在PCR的基础，不需要分离培养细菌，因而避免了培养方法的弊端。更重要的是该方法可以检测到环境中所有的菌，包括活菌(可培养的和不可培养的)和未降解的死菌。本文利用T-RFLP(末端标记限制性片段长度多态性)技术对虾塘养殖水体中的细菌进行分类，同时检测投加硝化细菌前后水体中细菌的种群变化情况，探索细菌种群变化情况对鱼虾养殖的影响规律。本研究对硝化细菌富集培养系统中微生物多样性进行了研究，结果表明，富集培养的硝化细菌在0-12h为延迟期；12h左右进入对数生长期；60h左右开始稳定期，菌量达到6.03×10~9个；120h以后开始衰亡期。并且在培养到稳定期120h时，硝化细菌的多样性指数相比最高下降了67％，均匀度指数上升了10.3%，硝化细菌丰度比例达到97％。在硝化细菌培养稳定期，数量和其他时期相比较多，并且杂菌最少，因此硝化菌培养稳定期最适合作为投加菌的时期。并对水样进行了为期6个月的跟踪监测，通过比较不同时间水塘水样的T_RFLP图谱结果，找到不同时间均出现的T_RF峰，即虾塘水中稳定存在的细菌，17 bp代表的微生物种类可能性较复杂，不能确定具体的种属，9 bp代表的微生物种类为短芽孢杆菌Brevibacillus shida，23 bp代表微杆菌Microbacteriumorla，18 bp代表的微生物可能是固氮弧菌Azoarcus indigen或者霍氏鲍特菌Bordetellaholmesii。通过比较不同时间水塘水样中细菌的多样性指数和均匀度指数，发现虾塘水中多样性指数逐渐减少，可能和天气逐渐变冷，细菌不能适应水塘环境而死亡造成水塘内多样性降低。同时对10株菌进行基于HaeⅢ和MseⅠ的T_RFLP分析，成功运用T_RFLP技术对10株菌进行区分。