国有企业作为我国经济的重要组成部分，如何在遵守市场经济规律前提下，防止国有资产流失、提高国有资产经营效益是国有企业健康发展的关键。而在国有企业的公司治理架构中，国资监管体系的设置是国有资本所有者缺位的关键，内部审计则可以维护企业出资人的利益。本文将集中研究内部审计和国资监管在国有企业特殊的资本结构下的关系以及互相配合的机制。在国有企业中，由于企业所有者缺位、公司治理结构不完善以及行业管理乏力等原因，内部审计得不到有效的设置和保障，导致评价、服务等多种职能都难以发挥。另一方面，国资监管体系则出现法人治理与行政监控混淆的现象，财务总监委派制作为重要的监管手段也存在缺乏法律支持、职能冲突和重复等缺陷。而内部审计和国资监管之间则存在相互补充和支持的关系。因为国资监管体系是国有资本出资者代表，可以推动企业公司治理机制建立，从而为内部审计提供有利环境和规范管理。而内部审计则自始具有维护出资人利益的职责，避免国资监管行政监督的尴尬。以新加坡淡马锡控股(私人)有限公司与我国某地级国资监管体系为例进行对比分析，就可以看出国际成功国有企业与我国国企普遍现状在公司治理、内部审计与国资监管三方面的差异。参考国际先进经验，研究通过建立独立董事会制度，采取隶属于董事会或审计委员会的内部审计设置模式，规范国资监管机构履行“股东大会”的职能等设置，将内部审计与国资监管进行配合设置，从而完善国有企业的公司治理，实现提高国有企业价值的目的。