随着政府绩效审计越来越受到重视，而国内由于缺乏完整的理论体系，且在实践上缺乏有效的审计工作模式的指导，限制了其发展。“审计免疫系统论”这一突破性理论深化了审计本质和审计内涵。其符合科学发展观的要求、具有中国特色，是审计理论的创新，而政府绩效审计是我国审计的发展重点，本文将“审计免疫系统论”和政府绩效审计相结合，深化了政府绩效审计的免疫功能。借以构建免疫系统论下的政府绩效审计模式，用于绩效审计实践，不仅操作性强，提高审计效率，还使审计充分关注国家经济运行中的宏观、微观风险，进而给政府提出预警建议，不断修复体制、机制、制度中的问题。本文研究了政府绩效审计的理论基础和产生历程，对政府绩效审计概念做了新的界定。由免疫系统的功能及原理入手，研究了审计“免疫系统论”的本质、内涵等相关内容，深入分析了其对我国政府绩效审计的理论创新，包括对政府绩效审计本质、功能、目标的创新。同时结合我国现实中影响政府绩效审计的各种问题，提出了在“审计免疫系统论”下解决这些问题的途径，并根据免疫系统的应答过程构建“免疫系统论”下的政府绩效审计模式，希望能够丰富我国政府绩效审计理论，增强政府绩效审计的实践性，使审计工作能够以全新的视角、更高的层次发挥免疫系统的功能。