随着企业集团多元化发展和规模的扩张，管理工作的复杂性增加，客观上要求建立起完善的、强有力的企业集团管控模式，发挥企业集团在资源配置与共享、规模效益等方面的优势，保证总体发展战略的顺利实施和核心目标的实现。科研院所在选择和建立公司治理体系时不能简单地借用普通企业集团的公司治理类型，必须从权变的视角，从科技型企业的自身实际出发，充分考虑科技型企业自身的状况，建立适合自身的、恰当的母子公司管理体系。 本文以笔者工作的科研院所(U集团)为案例，从战略定位出发，分析了U集团在对子公司的战略、资产与运营、人事和财务管理等方面存在的问题，根据目前最新集团管控理论(战略控制型、财务控制型、运营控制型)，分析了U集团子公司的战略定位、发展阶段和资源相关度，得出了U集团应建立战略控制型为主，财务控制型、运营控制型为辅的母子公司管理体系：对绝大多数子公司采取战略控制型，对新成立公司采取运营控制型，对与集团战略关联度不大的公司采取财务控制型的母子公司管理体系。以此为思路，对U集团母子公司管理从战略、资产及重大经营、人事和财务等方面进行了优化和重新设计，并提出了确保管理流程得以巩固和发挥作用的四大关键保障措施。 本论文分六章。第一章绪论；第二章重点介绍了公司管理理论和集团管控理论，它们是全文的理论基础；第三章分析了U集团战略定位、发展重点和其母子公司管理中存在的问题；第四章优化了U集团管理体制，并从U集团子公司战略地位、资源相关度和发展阶段等关键因素分析得出U集团应建立战略控制型为主的管控模型结论；第五章运用分析得出的U集团管控模式(战略管控为主)，对U集团母子公司战略管理、资产运营及重大决策、人事管理和财务管理等流程进行了优化和重新设计；第六章设计了一些关键制度，以保障上述管理流程得以巩固和发挥作用。 本论文特点(或主要工作)表现在：(1)首次对科研院所母子公司管理体系进行比较全面的研究和探讨，并将企业集团管控理论运用于科研院所；(2)提出了“先内部程序后法定程序”的重要管理思想，既保证了集团公司要管理控制子公司的愿望得以实现，同时也确保了子公司作为市场经济主体的独立性和自主性；(3)对U集团在对子公司管理的战略、资产运营、人事和财务等方面设计出不同的管控流程，基本解决了U集团母子公司管理问题。