生物恐怖事件对人类的安全产生了极大的威胁，只有做好充足的物资储备、完备的应急机制和高效的配送体系，才能够有效的面对这一威胁，而健全高效的配送系统尤显重要。本文在研究生物反恐与应急物流的理论基础上，分析研究了基于HUB和基于TSP单一配送模式，建立了基于HUB与TSP混合协同配送模式，并优化仿真，提出了相应的解决方案，具有很强的现实意义。“9.11”及SARS事件后，国内外涌现出大量关于生物反恐、应急物流、应急准备与应急反应、应急物资配送优化等方面的文献，但这些研究都没有得到很好的结合。为此，本文主要研究了以下三方面内容：　　 首先，生物反恐体系中应急资源单一配送模式研究。在生物反恐的背景下， 以受传染病扩散模型为驱动的物资需求规律为基础，研究了基于TSP和基于HUB的单一配送模式，给出了相应的求解模型和优化算法，为应急物资的协同配送研究做基础。同时，单一配送模式皆在传统理论基础上，结合生物反恐的相关背景，提出了新的条件和优化方案。基于HUB模式不仅仅考虑受灾节点与HUB节点间的配送，还增加了受灾节点与配送中心的直接联系；而基于TSP模式则在资源共享的前提下，同时兼顾了应急效率和经济效益，使得资源利用得到了极大优化。　　 其次，生物反恐体系中应急资源协同配送模式研究。现实配送情况相当复杂，单一的配送模式无法满足应急配送的需求。采取协同配送模式，可以集成各个配送模式的长处，形成一个较优的配送体系，提高时效性和有效性。结合前面单一配送模式研究，基于受传染病扩散规律为驱动的物资需求规律，本文提出了基于TSP与HUB的协同配送模式，建立了配送模型并给出了求解算法。同时，本文将配送中心、HUB节点和受灾节点作为一个资源共享、信息互动的整体，优化模型，且节省了社会资源。　　 最后，生物反恐体系中应急资源配送仿真研究。本文将计算实验方法的相关理论运用到应急资源协同配送仿真过程中，并通过相关软件对实际应急资源协同 配送进行仿真研究，在各个配送模型的研究基础上仿真优化并给出了的应急配送算例。基于Matlab软件，数值仿真单一配送模式，给出了优化算法；基于Anylogic软件，对协同配送模式进行过程仿真，更形象直观地展现了应急资源协同配送模式的有效性和优越性。同时在仿真过程中，本文通过调整比较，进一步仿真优化，提高了配送模式的有效性。