IGF-1基因在不同猪种群体中的遗传多态性及遗传效应分析

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本实验以中外8个猪群共计325头猪为研究材料,采用PCR-SSCP、基因序列测定和微卫星检测等方法分析了猪IGF-1基因的多态性分布,用分子生物学方法分析研究了各多态位点对基因所编码蛋白的生物学影响,并对其进行了群体遗传学和统计学分析,同时进行了各基因型多态性与肌内脂肪含量等肉质和胴体性状的相关性分析。结果如下:通过SSCP检测和测序证实IGF-1基因外显子内共存在3处点突变,分别是位于第3外显子内的第201位核苷酸的G→A突变和第4外显子内的第440、455位核苷酸的A→G和T→C突变。将存在多态性的外显子不同纯合基因型个体的核苷酸序列分别翻译成氨基酸序列,然后进行氨基酸序列的同源性比较,结果显示所有检测到的外显子序列上碱基的多态性并没有引起氨基酸序列的变化,说明这几个外显子上核苷酸序列的差异是遗传密码子的摇摆性所致,属同义突变。在5′端侧翼微卫星位点上,通过测序共发现3种分别为(CA)17、(CA)19和(CA)21的(CA)重复。外显子3位点共出现AA、AB和BB 3种基因型,基因型分布表现出明显的群体特征,基因型AA在外种猪中占绝对优势,BB基因型仅出现在藏猪、雅南猪和大河乌猪中。国外猪群具有更高的A等位基因频率。在整个检测群体中等位基因A、B的频率分别为0.6508、0.3492,A为优势等位基因。该位点属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),多态信息含量PIC值为0.3531。外显子4上共检出EE、EF和FF 3种基因型,基因型EE在国外猪种中的频率高于在国内猪群中的频率;基因型FF仅在藏猪和大河猪中被检测到。等位基因E在除大河猪外的其它各群体中均为优势等位基因。该位点上等位基因E、F的频率分别为0.9000和0.1000,E为优势等位基因。该位点属于低度多态位点(PIC<0.25),多态信息含量PIC值为0.1763。5′端侧翼微卫星位点上,共检测到CC、DD、GG、CD、CG、DG6种基因型,等位基因C、D、G的频率分别为0.4405、0.4306和0.1289。该位点属于高度多态位点(PIC>0.5),多态信息含量PIC值为0.6028。χ2合性检验显示,供试的各群体在IGF-1基因的2个外显子位点上除了长雅猪偏离哈温(Hardy-Weinberg)平衡外,其余群体均处于平衡状态。5′端侧翼微卫星位点上,只有藏猪和大河乌猪达到哈温(Hardy-Weinberg)平衡,其它群体均偏离平衡状态。遗传效应分析发现,IGF-1基因外显子3位点上的B等位基因具有提高肌内脂肪含量和大理石纹评分、减小肌纤维面积、降低失水率和瘦肉率的遗传效应。表现为BB基因型个体的肌内脂肪含量显著地高于基因型AB基因型个体,大理石纹评分显著高于AA、AB基因型个体,失水率显著低于AA、AB基因型个体;胴体性状中,BB基因型个体的瘦肉率显著低于AB基因型个体。此位点对脂肪酸和氨基酸组成没有显著影响。IGF-1基因外显子4位点上的F等位基因具有提高肌内脂肪含量、减小肌纤维面积、降低失水率的遗传效应。表现为FF基因型个体的肌内脂肪含量极显著地高于EE、EF基因型个体;EF基因型个体的肌纤维面积显著小于EE基因型个体;EF基因型个体的失水率极显著的低于EE基因型个体。在5′端侧翼微卫星位点上,G等位基因具有提高肌内脂肪含量的遗传效应。表现为GG基因型个体能肌肉中不饱和脂肪酸C18∶3的含量显著增加。DD基因型个体肌肉中His、Thr、Arg、Tyr、Phe、Lys、Leu的含量显著增加。最小二乘分析发现,IGF-1基因的AA-FF基因型组合具有较好的肉质性能,AA-EE基因型组合具有较好的胴体性能。IGF-Ⅰ基因是影响猪肌肉生长潜在的遗传标记,可应用于猪育种工作中的标记辅助选择,提高选种的效率和准确性。
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