新疆是一个农牧业大区,农村人口占全区总人口的60.2%,农牧业在国民经济中的基础地位特别突出；新疆地处祖国西部边疆,是维护国家安全和边疆巩固的战略屏障,防止和打击“三股势力”分裂破坏活动的任务十分艰巨；新疆地广人稀,广大农村牧区人口居住分散,基层工作相对薄弱。伴随着封闭状态的逐步打破,利益要求的日趋多元,利益纠纷的日益增加,少数民族地区乡村治理的意义也历史地凸显出来；与此同时,社会转型也使少数民族地区乡村治理的环境变得更为错综复杂,也对治理提出了更新更高的要求。在新农村建设蓬勃发展之时,新疆农村也正发生着诸如农民自主性增强、各类农民专业合作社快速发展、乡镇事业单位的企业化和社会化改制等乡村治理结构的新变化。在此背景下,如何探索有效的乡村治理方式,构建何种良性的治理机制,以应对社会转型和时代变迁对乡村秩序与发展的挑战的需要,成为摆在我们面前的一个时代课题。本研究通过理清乡村治理一般原理和规律,省察新疆乡村治理困境,界分乡村治理的主体角色和客体内容,倡导构建多元主体共同参与、协商与合作的良性互动机制,发挥乡村社会的自主性力量,推动基层民主政治建设,使之形成国家与乡村社会、正式组织和非正式组织的合作共治范式,来回应时代挑战。本研究在对清代以来新疆乡村治理回顾的基础上,着重对新疆乡村治理的现状作了分析。运用实证分析方法,揭示出新疆虽然在农村居民收入与消费、农村基础设施投入和社会保障、农村环境与生活品质提高潜力等三项公因子得分中的表现均不突出,但却努力站在了农村居民幸福指数排名第六的西部地区平均水平的位置；通过“十五”和“十一五”共10年幸福指数的分析,可看出新疆农村居民幸福指数呈现总体提高的良好发展趋势；通过乡村治理满意度调查的数据分析,表明目前新疆乡村治理绩效属于一般水平。村干部和村民对目前乡村治理的满意度的排序相似,且村干部的满意度高于村民。本研究通过对新疆村民自治现状及其与乡村治理关系的研究、村“两委”矛盾关系处理等视角,探讨新疆乡村正式组织作用体现的现状,并从村干部这一正式组织乡村精英的角度分析其在乡村治理中的角色和作用,分析大学生村官工作开展意义来探寻提高新疆村干部素质的路径；主要通过社会资本理论的借鉴,以农民专业合作社、农村宗族、宗教等为切入视角,对新疆乡村的非正式治理资源现状做探讨。在分析新疆乡村治理目前面临的困境之后,提出合作治理应是实现新疆未来乡村善治、和谐发展之路。