在知识经济和经济全球化的今天,高新技术开始成为世界经济发展的强劲动力,谁拥有高新技术优势,谁就能争夺国际市场,在国际竞争中赢得主动。一个国家或地区高新技术产业的发展程度已经成为衡量其科技经济实力乃至综合国力的重要指标。为此,发展高新技术产业已经成为各个国家和地区的意志。21世纪初期是实现我国现代化发展战略的关键时期,加快发展高新技术产业将成为我国在激烈的国际经济和科技竞争中取胜的必然选择。如何有计划地组织高新技术产业,合理配置资源、降低创新成本、提高创新能力、突破创新瓶颈,实现创新目标正是本论文研究的目的。本文通过理论研究和实证分析相结合的研究方法,以提升我国高新技术产业技术创新能力为目的,以科学发展观为指导,以国内外学者已有的研究成果为基础,从高新技术产业组织的基本理论出发,首先从高新技术产业的技术单元,技术创新的外部性、转换成本以及共生经济等影响因素出发,研究了高新技术产业组织主体选择的机理,对不同类型高新技术产业技术创新中政府、企业等角色的定位进行了深入探讨,并提出了高新技术产业组织主体的选择模型；然后从有效配置资源、实现技术创新的目标出发,分析了资源的规模效应、协同效应、组织效应、竞争效应和溢出效应及对高新技术产业发展的影响,提出了基于资源和目标的高新技术产业组织模式；最后研究了高新技术产业组织的社会技术整合设计思想及方法,分析了高新技术产业组织陷阱防范的措施。本文的研究对于进一步理顺技术创新机制各要素之间的关系,提高技术创新能力,加快我国高新技产业技术创新步伐具有实际的指导意义。通过正确选择和调控我国高新技术产业及技术创新组织模式,有利于在高新技术产业内部和外部的各个企业之间形成有效的竞争与合作,加快发展我国的高新技术产业。