中国(上海)自由贸易试验区的设立是在新经济常态下全面深化改革和扩大对外开放的战略需要,核心任务是制度创新。负面清单管理制度是其制度创新的一大亮点,政府以清单的方式明确列出禁止和限制市场主体进入的领域等,在清单之外,市场主体皆可依法平等进入,即“非禁即入”,同时,政府采取相应管理措施的一系列制度安排。负面清单管理制度有助于厘清政府与市场关系,促进贸易、投资自由化,推动政府职能转变。上海自贸试验区负面清单管理制度虽已取得一定成效,但随着社会经济不断发展,制度中各利益主体需求不断变化,由正面清单转为负面清单管理制度过程中,仍存在制度供给缺口,导致制度不均衡。基于此,文章在制度变迁视野下,进一步探寻上海自贸试验区负面清单管理制度的发展历程、特点、现状、问题等。研究认为,当前上海自贸试验区负面清单制度还存在制度内容滞后于国际先进水平、缺乏法律保障、制度执行主体能力有待加强、配套监管制度不完善等问题。应立足国情,借鉴国外负面清单管理制度实施经验,继续加强顶层设计,对标国际高标准,提升制度执行主体能力,完善相应法律法规体系以及相关监管制度。