【摘 要】
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人类肠道内栖息着数量极其庞大的微生物,但是其中只有很少一部分能够进行纯培养,90%以上为不可培养微生物。仅依赖传统的纯培养技术,人们对肠道微生物的认识受到了很大的限制。元
【出 处】
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中国科学院研究生院 中国科学院大学
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人类肠道内栖息着数量极其庞大的微生物,但是其中只有很少一部分能够进行纯培养,90%以上为不可培养微生物。仅依赖传统的纯培养技术,人们对肠道微生物的认识受到了很大的限制。元基因组技术作为一种不依赖于纯培养的方法,能够克服纯培养技术的限制,是研究人类肠道不可培养微生物的有力工具。
本研究首先对一健康男性粪便样品进行了元基因组DNA的提取纯化并构建了元基因组Fosmid文库。该Fomsid文库约含30000个克隆,总容量为1.08 Gb。通过限制性酶切发现,文库插入片段大小为20-48 kb,平均大小为36 kb。在连续传代约100次时,文库仍然保持良好的稳定性。人类肠道微生物元基因组Fosmid文库建立后,利用含有三丁酸甘油酯的酯酶选择性筛选培养基从中筛选得到1个具有酯酶活性的阳性Fosmid克隆。经Sau3A I对筛选到的阳性Fosmid克隆进行部分酶切后,回收大小为2-5 kb的片段并连接到pUC118载体上。将连接有插入片段的pUC118载体转化到E coli DH5α感受态细胞中,构建酯酶亚克隆文库并筛选出具有酯酶活性的阳性亚克隆。对具有酯酶活性的阳性亚克隆进行测序后,得到一个由2088个核苷酸组成的基因。该基因可以编码一个含有695个氨基酸的蛋白质。序列比对结果表明,所筛选到的基因具有明显的酯酶保守序列和活性位点。仅与源于Pyramidobacter piscolensW5455的patatin家族的磷脂酶具有明显的同源关系,核酸序列一致性为96%。本实验首次利用基于功能的筛选方法从人类粪便样品微生物元基因组中分离到了酯酶基因,并对其进行了较深入的序列分析。
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