基于脂质摄取基因生物信息学分析构建肾透明细胞癌预后模型

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:LIC3352
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:为建立肾透明细胞癌预后模型,通过GSEA数据库获取细胞脂质摄取相关基因,并从TCGA数据库获取肾透明细胞癌与癌旁正常组织的相关数据。然后利用生物信息学技术建立肾透明细胞癌的预后模型,用以预测肾透明细胞癌患者预后。本研究基于脂质摄取相关基因建立可预测肾透明细胞癌患者预后的模型,从而更有效地指导临床患者的个体化治疗并预测肾透明细胞癌患者的生存。方法与步骤:在本研究中,我们首先通过GSEA网站获取到有关细胞脂质摄取的相关基因。利用Pearson分析对所获得的细胞脂质摄取相关基因间的相关性进行两两分析。然后通过TCGA数据库获取到正常肾脏组织样本及肾透明细胞癌组织样本相关数据,利用R语言limma包对正常肾脏组织样本及肾透明细胞癌组织样本数据脂质摄取相关基因表达差异进行分析,并利用R语言pheatmap包及vioplotb包绘制热图及提琴图。使用单变量COX回归的方法结合TCGA数据库中患者临床生存数据来筛选脂质摄取相关基因中与患者生存相关的基因,以期待寻找判断肾癌预后的分子标记物,并计算脂质摄取基因的风险比(hazard ratio,HR)以及95%可信区间,p<0.05则认为具有统计学意义,HR<1为保护基因,HR>1为危险基因。进一步使用LASSO回归分析构建预后风险模型,将肾透明细胞癌患者分为高风险和低风险组,通过绘制Kaplan-Meier生存曲线来评判该预后模型是否有足够的区分性,随后绘制ROC曲线,通过计算曲线下面积(area under curve,AUC)来进一步评价该预后模型的质量。最后结合肾透明细胞癌其他预后可能相关的其他因素年龄、T分期、M分期、grade分期及stage分期,采用单因素和多因素COX回归的方法来进一步验证该风险预后模型能否作为肾透明细胞癌预后的独立危险因素。结果:通过GSEA网站获取17个细胞脂质摄取相关基因(ACSL1、ACSL3、ACSL5、AKT1、AKT2、CD36、FABP3、RPS6KB1、SLC27A1、SLC27A2、SLC27A4、SLC27A5、SLC2A1、SPX、THBS1),细胞摄取细胞外脂质过程可能是通过细胞的跨膜转运或内吞作用实现的。利用Pearson分析得出,部分脂质摄取基因成员之间的表达具有相关性。通过TCGA数据获取72例正常肾脏样本及539例肾透明细胞癌样本数据,利用R语言limma包对17个脂质摄取基因的表达情况进行差异性分析,在正常肾脏组织和肾透明细胞癌中有15个脂质摄取基因(ACSL1、ACSL3、ACSL5、AKT1、AKT2、CD36、FABP3、RPS6KB1、SLC27A1、SLC27A2、SLC27A4、SLC27A5、SLC2A1、SPX、THBS1)的表达水平存在差异,且具有统计学意义(P<0.05)。通过单因素COX回归分析,在17个脂质摄取基因中,有5个脂质摄取相关基因(ACSL1、EPRS、THBS1、SLC27A2、CD36)与肾透明细胞癌预后相关(P<0.05),且为保护基因(HR<1)。通过进一步LASSO回归分析,最终确定7个脂质摄取相关基因(ACSL1、ACSL5、AKT2、EPRS、RPS6KB1、SLC27A1、SLC27A2)为预测基因,并用以建立肾透明细胞癌的预后风险模型。为验证该预后模型的质量,利用ROC曲线分析计算该预后模型3年、5年、7年、10年的曲线下面积分别为0.697、0.701、0.728、0.732,表明该预测模型质量较好,具有一定的预测能力。该预后模型的K-M生存曲线表明模型中低风险组与高风险组的肾透明细胞癌患者的生存时间有明显差异,且具有统计学差异。单因素COX回归分析及多因素COX回归分析均得出,该基于脂质摄取基因建立的肾透明细胞癌预后模型可以作为独立危险因素预测患者预后。结论:本研究根据7个脂质摄取基因构建了肾透明细胞癌的预后模型,经过验证得出该预后模型质量良好,对于肾透明细胞癌患者的预后具有一定预测能力。同样这些脂质摄取相关基因可能会成为肾透明细胞癌的个体化治疗提供新的诊疗思路。
其他文献
目的:回顾性研究新型冠状肺炎疫情期间,应急性、治疗性部分穿透性深板层角膜移植术,对重度感染性角膜溃疡病人的临床疗效。方法:纳入2020年1月至2020年12月,于我科行应急性、治疗性部分穿透深板层角膜移植的患者23例(眼),其中男14眼,女9眼,平均年龄58.4±15.0(23~82)岁,角膜溃疡病灶直径(mm):6.674±1.202(5~9),病灶穿孔部分平均直径(mm):2.630±0.77
目的:观察0.5%聚维酮碘结膜囊冲洗与睑缘清洁对白内障患者术前眼表菌群的抑制作用及对患者角膜上皮细胞的影响,从而为白内障术前规范应用睑缘清洁提供一个理论依据。方法:选取2020年8月至2021年1月在常州市第二人民医院收治的白内障手术患者84例(84眼),用随机数字法分为结膜囊冲洗组、睑缘清洁组各42例(各42眼,均为非手术眼),入院当日即用无菌的棉拭子分别进行结膜囊、睑缘取材,后进行细菌培养。两
子宫颈癌是常见的女性生殖系统癌症,高危型人乳头瘤病毒(hrHPV)感染与其发生的相关性较为密切。持续的hrHPV感染可引起子宫颈鳞状上皮内病变(SIL),如不能及时发现并处理则有一定几率发展为子宫颈癌。近来研究提示微生物群有改变人体生理机能、影响病毒感染和疾病(如癌症)发展的作用。本研究通过分析研究对象阴道微生态与hrHPV、不同级别SIL之间以及阴道灌洗液中TNF-α、IL-6的浓度与不同级别S
背景:乳腺癌(Breast cancer,BC)是世界上女性中最常见的癌症,据报道,2020年全球癌症新发病例中,乳腺癌估计达230万例,在癌症发病率中居首位,同时发布2020年全球女性乳腺癌死亡人数高达68万,死亡率居全球女性癌症死亡类型首位。近年研究表明,肿瘤转移和复发已成为乳腺癌患者生存的主要障碍,也是大多数乳腺癌患者死亡的原因。所以,筛选、鉴定与乳腺癌侵袭转移和乳腺癌进展密切相关的调控分子
背景:结直肠癌是一种发生在结肠和(或)直肠中的癌症。结直肠癌的男性发病率在所有癌症中排名第三,女性发病率排名第二。根据国际癌症研究机构2018年的统计,结直肠的致死率在所有癌症中排名第二。无论是环境还是遗传因素的改变,都可能造成结肠上皮细胞内发生基因组不稳定、基因突变、DNA修复机制沉默等癌症特征事件,从而导致结直肠癌的发生。另一方面,基因组及表观基因组稳定性的丧失,也会加速原癌基因、抑癌基因的基
目的:目前,尚不清楚卡介苗(BCG)联合丝裂霉素维持疗法(MMC)对经尿道膀胱肿瘤电切术(TURBT)后膀胱灌注的作用是否优于卡介苗对单一药物的作用。本篇系统评价与meta分析诣在阐明对于中、高危膀胱癌患者采用卡介苗联合丝裂霉素膀胱灌注的治疗效果。方法:我们对Pub Med,EMBASE,Cochrane图书馆,其他数据库以及更相关的主题随机对照试验(RCT)进行了全面的文献检索。这些试验均比较了
为帮助学生树立正确的劳动观念,掌握必备的劳动技能,培育积极的劳动精神,养成良好的劳动习惯和品质,中国人民大学附属中学(以下简称人大附中)积极实施劳动教育,课程设计科学合理,内容丰富全面,形式灵活多样。特别是在2020年《中共中央国务院关于全面加强新时代大中小学劳动教育的意见》出台,教育部印发《大中小学劳动教育指导纲要(试行)》之后,人大附中在校长刘小惠的带领下,认真学习文件精神,在继承传统中
期刊
红系分化是指造血干细胞经过多能造血干细胞、髓样祖细胞、红系祖细胞,形成成熟红细胞的过程,是机体产生成熟红细胞的重要途径。白血病的成因一般被认为是红系祖细胞的的发育和分化停滞。慢性粒细胞白血病(chronic myeloid leukemia,CML)是一种多能造血干细胞恶性克隆增殖性疾病,具有凋亡阻滞、增殖失控、造血功能抑制及分化障碍等特征。因此对白血病细胞分化诱导和作用机制的深入研究以及诱导分化
目的:研究系统免疫炎症指数(SII)、预后营养指数(PNI)与结肠癌患者术后近期并发症及生存期的相关性,并进一步探讨二者联合评分SII-PNI在结肠癌患者预后的预测中的价值。方法:回顾性分析2016年3月至2018年1月在苏北人民医院胃肠中心行根治性手术治疗,且术后病理证实为结肠癌的患者的临床资料,一共256例。采集的相关临床资料为:年龄、性别、体重、身高、病史;手术前近期的血液学指标:血小板、淋
目的:从围手术期结局和术后一年营养状况及并发症角度对LAPPG与LADG进行回顾性分析。方法:回顾性收集我院普外一科自2015年1月至2019年12月早期胃中、下部癌的患者共101例,其中行LAPPG手术的病例49例,行LADG手术的病例52例,将其分别分为LAPPG组及LADG组。LAPPG组均行D1+8a、9、11p组淋巴结廓清,且采用手工胃胃吻合完成消化道重建;LADG组均行D2淋巴结廓清,