侦查部门司法鉴定机构体制改革涉及公民基本的人身和财产权利，关系着整个司法鉴定体制改革的成败，应当得到足够的重视。侦查部门鉴定机构体制的改革包括机构设置的改革和管理方式的改革。机构设置改革要求处理好侦查部门鉴定机构与侦查部门的关系，以及鉴定机构内部各部门、人员的关系。管理方式的改革要求对鉴定机构和鉴定人的管理方式、方法进行更新。而且，这两个部分的工作并不是完全隔离的。一般而言，机构设立改革过程中往往渗透着管理方式的变更，管理方式的变更最终也一定会引起机构设立的变化。二者是既对立又统一，既有区别又相互联系的辩证统一的整体。本文通过对我国侦查部门司法鉴定机构体制的有关理论观点和实务经验进行归纳、梳理，借鉴国内外的研究成果和实践经验，总结出在我国侦查部门鉴定机构体制改革中几个重要的影响因素。强调在改革中既要保证鉴定部门的中立，又要促进侦查工作的展开，这是几个影响因素共同作用产生的必然结果。在此基础上，对侦查部门司法鉴定机构体制改革的具体实施方案进行了设想。本文按照提出问题、分析问题和解决问题的思路组织文章结构，全文二万八千余字，除引言外，分为四个部分。第一部分简要的介绍了侦查部门司法鉴定机构体制的理论和实务现状，并从多元利益平衡的角度对理论与实务现状进行了评析。首先，总结出当今学界有关侦查机关的司法鉴定机构体制改革的理论学说：集中型鉴定体制说、分散型体制说和一元统一管理下的多极鉴定体制说；其次，从机构设置和机构、鉴定人管理两个方面对实务现状进行剖析，指出实务工作中的不足；最后，从多元利益平衡的角度对理论与实务现状进行评析。在此基础上，得出笔者的结论：一是现有的改革缺乏相应理念的指导；二是在改革的过程中，无论是理论研究还是实务工作都过度依赖政府；三是忽视了鉴定机构体制改革与侦查部门体制改革的联系；四是改革缺乏法律依据。第二部分主要阐述了外国侦查部门司法鉴定机构的体制对我国侦查部门的鉴定机构体制改革的启示。主要包括两方面内容：一方面，简要介绍外国侦查部门司法鉴定机构的体制，分析了美国、英国、德国、法国和日本等国家司法鉴定机构的特点；另一方面，通过比较分析，总结出外国侦查部门司法鉴定机构体制对我国侦查部门的鉴定机构设立、人员管理、机构管理、业务限制等方面有关体制改革的启示。第三部分着重论述在侦查部门司法鉴定机构体制的改革的过程中几个重要的影响因素，为提出具体改革措施打下理论基础。一是应建立多元利益平衡的理念来指导体制改革；二是注意刑事诉讼中证据观念的转变对侦查部门司法鉴定机构体制改革的影响；三是深入理解侦查活动开展的各阶段对司法鉴定机构、司法鉴定人的依靠对体制改革的影响；四是司法鉴定的科学属性的认识对侦查部门司法鉴定机构体制的改革的影响；五是刑事诉讼中司法鉴定的非牟利性认识对侦查部门司法鉴定机构体制的改革的影响；六是刑诉法的修订对侦查部门司法鉴定机构体制改革的影响。第四部分提出对侦查部门司法鉴定机构体制改革具体措施的设想。在法律的制定方面，建议建立统一的《司法鉴定法》，将侦查部门司法鉴定机构体制改革设专章予以规定；在机构设置的改革方面，倡导改变侦查部门与其所属鉴定机构的相互关系，建立技术领导侦查的模式。改变侦查部门司法鉴定机构内部机构的设置，建立两支独立的专家队伍。改变有关法医的鉴定机构的设置与管理，使其完全独立于现有的体系；在机构、人员管理的改革方面，建立科学、完善的评估标准。建立政府为辅行业协会为主的侦查部门鉴定机构的管理模式。加强对侦查部门司法鉴定机构、司法鉴定人的监督。