珠江在我国七大江河中，流量仅次于长江，居第二位，占全国水资源量12％。然而，随着总珠江流域经济的快速发展、人口的急剧增加、城市化进程的不断加快，造成珠江流域洪涝灾害、干旱缺水、水环境水生态恶化、水污染造成的水质性缺水、咸潮上溯等诸多水问题，成为制约珠江流域经济社会可持续发展障碍。本文首先从当前珠江流域水资源开发利用以及存在问题着手提出加强流域水源管理的必要性；随后从珠江流域水资源管理机构设置、职责划分、机构运行与协调制度的角度重点分析珠江流域水资源管理体制现状、历史作用与局限，从而引出正是珠江流域“多部门分割管理，部门间各自为政”、“行政区域分割管理，区域间条块分割”、“强有力的流域管理机构缺位”、“法律保障体系不完善”、“管理手段上采用单一的政府管治模式”的水资源管理体制导致当前珠江流域水资源管理的困境；并从理论上分析了珠江流域水资源管理体制成因在于对珠江流域水资源开发治理的认识水平的局限、计划经济体制的产物和延伸、现行行政管理体制的制约、传统公共行政的内在缺陷、各利益相关方有效协调与参与机制的缺乏、社会公众法治观念淡薄、传统政治文化的消极影响；最终提出适应珠江流域水资源管理的新体制：流域统一管理更具权威性；管理的内容涉及水资源的各个领域，较之目前的管理内容更为广泛；管理手段上充分发挥政府调控与市场机制作用；流域管理机构与行政区域间的事权划分明确，且能有机结合；区域管理应服从流域管理，行业管理应服从流域的综合管理；流域水资源管理完善的法律保障。