随着我国经济的快速发展,军民结合企业正逐渐成为国民经济中的一支重要力量。然而,伴随着军民结合企业的不断发展,诸如高投入低产出、劳动密集度高、以及资本利用率低、自有技术水平低等一系列限制企业发展问题也日渐严峻。实践证明,提高自主创新能力是解决这种问题的最有效手段。因此,正确认识军民结合企业自主创新能力的内涵,并引导其不断提高自身的自主创新能力,具有实际应用价值。为了深入认识军民结合企业的自主创新现状,引导此类企业自主创新能力的快速提升,本文建立更加全面的军民结合企业自主创新能力综合评价指标体系,并探索出一种更为科学的综合评价方法,从而给与此类企业的全新的指导。首先,分析了国内外对于自主创新能力、军民结合企业自主创新能力评价的研究现状,以及创新、自主创新、自主创新系统等理论的内涵；对现有自主创新能力评价方法进行了比较研究。其次,阐述了军民结合的内涵,对军民结合企业自主创新能力进行了界定。结合我国的实际情况,对我国的军民结合企业的特点、发展现状、存在问题、以及问题成因进行了深入的分析。最后,结合我国军民结合企业的特点,基于系统论,构建了军民结合企业自主创新能力评价指标体系；基于实物期权定价理论,建立了军民结合企业自主创新能力综合评价模型。在构建指标体系和综合评价模型基础上,以HHF企业为对象进行了实证研究,并根据评价结果提出了提升其自主创新能力相应的对策建议。