食品供应链上现存的问题是各合作企业的利益和职责是不同的,于是他们可能会为了各自的利益而与整体利益发生冲突,致使整个食品供应链的性能降低。究其原因,主要是各合作企业以及政府之间缺少有效的激励机制和监督机制。所以,有效的解决作为委托人的核心企业和作为代理人的供应商之间以及作为委托人的政府监管部门和作为代理人的核心企业之间的代理问题,是确保食品供应链上能够有效运转乃至整个食品行业良好发展的重要因素,而委托代理理论是研究此类问题的一个标准框架。本文分为六部分：前几章主要介绍了该论文的研究背景和意义,国内外研究现状综述,研究的框架机构和内容,发现在食品供应链管理中存在着一些问题,然后分析了食品供应链的安全现状分析,该部分首先从食品供应链的整体机构进行分析,从中具体发现问题的所在。接下的几章,主要介绍了委托代理理论、激励理论和政府监管理论,然后通过三个理论在实践中的应用来解决所出现的问题,其中,第四章为食品供应链上核心企业的激励机制的设计,比较信息对称和不对称条件下,核心企业对上游供应商的信息披露和努力工作的激励机制设计；第五章为食品供应链监管体系设计和激励分析,主要研究适合我国发展的监管体系,并对此设计监管者的绩效考核标准。