湖泊的富营养化以及伴随着蓝藻水华的形成已经属于全球重大环境问题，并伴随着全球经济的发展和人类活动的频繁而不断扩大并日趋严重。蓝藻水华的大规模且长时间的暴发不仅严重破坏了水体的生态系统平衡，而且还影响到了其生态功能，同时又由于其蓝藻毒素和异味等次级代谢产物的产生，而给公共安全带来重大威胁。而我国湖泊的富营养化严重，其中太湖，滇池等近几年就常受到严重的蓝藻水华的影响。鄱阳湖是中国第一大淡水湖，丰水期水面积可达到5000km2,流域面积占到全省面积的90%以上，既是世界重要湿地，又是世界A级候鸟保护区，具有极其重要的生态地位和生态功能；由于近几年鄱阳湖水体富营养化的加剧，加上全世界范围内蓝藻水华爆发的频繁，本文对鄱阳湖蓝藻，微囊藻以及产毒微囊藻做了详细的研究，以此来对鄱阳湖水华蓝藻的预警以及治理提供理论依据和基础数据。2011~2012全年的调查研究结果显示：（1）鄱阳湖水华蓝藻的种类有7属20种，其中鱼腥藻属和微囊藻属为优势水华种类，比例占到了总种数的75%。鄱阳湖全年蓝藻平均数量为8.08×107copies/L，数量最高的季节是7月份，达到了1.26×108copies/L，其中1#点的蓝藻生物量最高，为5.84×108copies/L，鄱阳湖南部湖区的蓝藻浓度相对较高。（2）微囊藻为鄱阳湖主要的水华优势类群，包括9种不同形态型，分别是铜绿微囊藻、水华微囊藻、惠氏微囊藻、假丝微囊藻、鱼害微囊藻、史密斯微囊藻、挪氏微囊藻、放射微囊藻、片状微囊藻；通过16S、ITS基因构建的分子系统树发现微囊藻具有较高的分子多样性。（3）全湖微囊藻的平均数量为6.00×105copies/L，主要分布于南部的1#~7#点，其中10月份的平均数量为全年最高达到了1.08×106copies/L，以及在4#点出现了峰值，浓度为9.28×106copies/L。（4）产毒微囊藻分布较为集中，同样普遍在南部分布较广以及更多，全年的平均数量为7.49×104copies/L。时间上，4月份的产毒微囊藻数量达到全年最高，为1.32×105copies/L；空间上，5#的产毒微囊藻丰度为全湖最高，为1.2×106copies/L。通过对产毒微囊藻毒素含量的定性定量分析，发现含有mcyA基因的微囊藻个体间的微囊藻毒素含量存在差异，其中最高的藻株的毒素含量达到了4.69mg/g，为高产毒的微囊藻。（5）通过蓝藻、微囊藻与相关环境因子的相关性分析，发现影响鄱阳湖藻类数量的环境因子随着季节的不同而变化，其中，仅浊度因子在不同的季节以及全年当中均与微囊藻以及蓝藻的数量呈负相关关系，表明浊度有可能是影响鄱阳湖蓝藻以及微囊藻数量的关键性因子。