在作物杂交育种实践中,实现强优势杂交种创制的方法之一是运用杂种优势群理论,选取不同类群间的亲本进行组合配制。因此,确立相应的杂种优势模式可以为作物杂交育种中亲本的合理组配和有效利用提供理论指导。玉米、水稻、小麦等一些主要作物已划分出杂种优势群、确立了相应杂种优势模式,并成功应用到杂交育种实践当中,极大的提高了杂交组配效率,加速了强优势杂交种育种进程。相比之下,大豆杂种优势利用虽已开展30余年,育成并审定了一批杂交大豆品种,但由于大豆杂种优势群的相关研究较少,研究人员仅通过育种经验进行组合配制,导致组合配制产出率不足2%。虽然前人利用分子标记开展了一些杂交大豆亲本遗传多样性研究,但由于分子标记多态性及覆盖范围的限制,很难准确进行类群的划分,也尚未提出高效组配的方法。随着高通量测序的快速发展,全基因组重测序作为全面分析基因变异位点的重要手段,也被逐步应用到作物杂种优势群的划分中,显著提高了杂种优势群划分的准确性。本研究以38份杂交大豆核心亲本为材料,其中包含14份恢复系、24份不育系或配套保持系,利用全基因组重测序技术挖掘亲本材料遗传变异位点,进行遗传多样性分析和杂种优势类群划分,结合历年不完全双列杂交组配得到的76个组合的产量数据进行联合分析,得到以下结论:（1）完成了38份杂交大豆核心亲本的全基因组重测序,将高通量测序原始数据进行过滤及比对分析,所有亲本的平均比对率达97.26%,对基因组的平均测序深度达到了9.4×,平均覆盖度为94%。以上样本参考基因组均达到了重测序要求,覆盖深度和覆盖度良好,可用于后续分析;（2）利用GATK软件检测,获得了群体中6,833,932个SNPs,继续检测群体中多态性位点,以特定的过滤条件为准,对获得SNPs进行过滤,得到1,258,603个SNPs;（3）使用38份亲本的SNPs数据集用于计算各种群之间的距离,通过邻接法构建亲本材料的系统进化树,将亲本材料划分为两个主要的类群,其中类群I中大部分为中国东北材料,占86.21%;类群II主要为美国材料,占66.67%,剩余为中美混合血缘材料。另外,类群I可分为7个亚群,表明核心亲本的遗传多样性比较丰富;（4）进一步对38份核心亲本进行主成分分析,将其聚类结果与系统进化树分群结果进行相互验证发现,主成分分析聚类结果与邻接法分群结果基本一致,表明类群划分比较准确;（5）对2个类群间亲本配制组合的产量数据进行杂种优势分析,结果表明杂种优势普遍存在于F1中,且不同组合之间有较大差异,但中国东北×国外组配模式得到的后代在产量上具有显著优势。在已鉴定的强优势组合中,中美组合占比最高且优势率高于其他组合,具有更强的杂种优势。综合上述分析结果初步提出,基于不同类群或亚群间的中国东北材料×美国材料的高产组配模式。