本文的目的是针对胶州湾的几种优势蚤类进行自动分类计数。本文的主要工作如下：(1)设计了一个完整的浮游蚤类自动分类计数方案。该方案首先通过有效的分割手段将浮游蚤类从背景中提取出来；然后提取与浮游蚤类个体生物学分类特征相对应的形状、纹理、颜色特征；接着对提取出的特征进行数学分析处理完成了数据的标准化，去除了冗余特征和分类无关特征；最后构造了几种不同的分类器对蚤类进行分类研究。(2)对该方案中的关键算法进行研究，分别在预处理、分割、特征提取和选择、分类器设计等各个模块当中选择了适合浮游蚤类分类的算法。(3)根据算法的研究结果开发了一个浮游蚤类自动分类计数系统，该系统已经在海洋所的生物标本计数平台上得到了初步的应用，并且还在不断的完善当中。实验证明，使用该系统极大提高了生物标本分类计数的效率，如果辅助一些先验信息的设定和人工干预，基本可以做到准确分类和计数。