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本研究以山羊Toll样受体(Toll-like receptors,TLRs)基因家族为研究对象,利用生物信息学和分子生物学相结合的方法,克隆了山羊TLR1-10基因的部分编码区,检测了TLRs的SNPs,并对TLRs进行了组织表达谱分析;进一步在对波尔山羊血常规指标和生长性状进行相关分析的基础上,得到了如下主要结果:
1.分离了山羊TLR1-10的部分编码区,检测到了13个SNPs;人和山羊TLRs核苷酸序列的同源性达到79％以上,山羊与马和牛的同源性在81％-98％之间;山羊TLRs的氨基酸序列和相应的人、牛和马的同源性也在69％-97％之间;山羊TLRs和其他哺乳动物的进化分析证明,山羊TLRs基因和牛TLRs基因的亲缘关系较其他哺乳动物更近。
2.以13个中国地方山羊群体和4个伊朗山羊群体和1个波尔山羊群体为实验材料,将位于同一染色体上的TLR1、6和10的部分编码序列(CDS)进行了测定,分别检测到了3、2和4个SNPs,其中TLR1中的3个SNPs位点和TLR10中的147C>T位点的基因型处于Hardy-Weinberg平衡状态;TLR6中的2个SNPs136C>A和316T>C间的连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)参数D’为0.93,TLR1中的79/C>A与90/A>G间的D’为1.00,TLR10中的76A>C与81A>G的D’值为0.93,147C>T与247T>G的D’值为0.85,说明以上SNPs均表现为较强的连锁不平衡。利用这3个基因的部分编码区序列所构建的系统发生树形成了两个分支,其中一支为济宁青山羊,另外17个品种则均聚到另一支;第二分支中,伊朗的4个山羊品种并没有聚到一起,BAF和阿尔巴斯白绒山羊聚到一起,说明它们的亲缘关系比较近,GAB和川东白山羊、淮山羊、海门山羊、马头羊和睢宁山羊聚到一起,而ABD和KHA与香羊、宜昌白山羊、乌羊、海南黑山羊、南江黄羊、黑羊和波尔山羊的亲缘关系比较近。
3.山羊TLRs基因家族(TLR1-TLR4,TLR6-TLR8,TLR10)在心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、肌肉、淋巴和小肠等8个组织中的表达水平表明8种TLRs(TLR5和9除外)家族基因(TLR1-TLR4,TLR6-TLR8,TLR10)在免疫器官-脾脏中高表达,TLR2和TLR6广泛表达于各种组织中,而TLR10只在脾脏中表达。
4.波尔山羊的EOS％与初生重、初生体高呈显著正相关(P<0.05),MPV与初生体长、初生体高、断奶体重、断奶体长、断奶体高和断奶胸围以及PDW与断奶体重、断奶体长、断奶体高和断奶胸围之间分别呈极显著正相关(P<0.01);呈显著负相关(P<0.05)的指标分别有:WBC与断奶日期、LYM＃与初生重、初生体高和初生胸围、RBC与初生体长、初生体高、初生胸围和断奶体重;而WBC与初生重、初生体长、初生体高、初生胸围、断奶体重、断奶体长、断奶体高和断奶胸围,则呈极显著负相关(P<0.01)。
1.分离了山羊TLR1-10的部分编码区,检测到了13个SNPs;人和山羊TLRs核苷酸序列的同源性达到79％以上,山羊与马和牛的同源性在81％-98％之间;山羊TLRs的氨基酸序列和相应的人、牛和马的同源性也在69％-97％之间;山羊TLRs和其他哺乳动物的进化分析证明,山羊TLRs基因和牛TLRs基因的亲缘关系较其他哺乳动物更近。
2.以13个中国地方山羊群体和4个伊朗山羊群体和1个波尔山羊群体为实验材料,将位于同一染色体上的TLR1、6和10的部分编码序列(CDS)进行了测定,分别检测到了3、2和4个SNPs,其中TLR1中的3个SNPs位点和TLR10中的147C>T位点的基因型处于Hardy-Weinberg平衡状态;TLR6中的2个SNPs136C>A和316T>C间的连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)参数D’为0.93,TLR1中的79/C>A与90/A>G间的D’为1.00,TLR10中的76A>C与81A>G的D’值为0.93,147C>T与247T>G的D’值为0.85,说明以上SNPs均表现为较强的连锁不平衡。利用这3个基因的部分编码区序列所构建的系统发生树形成了两个分支,其中一支为济宁青山羊,另外17个品种则均聚到另一支;第二分支中,伊朗的4个山羊品种并没有聚到一起,BAF和阿尔巴斯白绒山羊聚到一起,说明它们的亲缘关系比较近,GAB和川东白山羊、淮山羊、海门山羊、马头羊和睢宁山羊聚到一起,而ABD和KHA与香羊、宜昌白山羊、乌羊、海南黑山羊、南江黄羊、黑羊和波尔山羊的亲缘关系比较近。
3.山羊TLRs基因家族(TLR1-TLR4,TLR6-TLR8,TLR10)在心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、肌肉、淋巴和小肠等8个组织中的表达水平表明8种TLRs(TLR5和9除外)家族基因(TLR1-TLR4,TLR6-TLR8,TLR10)在免疫器官-脾脏中高表达,TLR2和TLR6广泛表达于各种组织中,而TLR10只在脾脏中表达。
4.波尔山羊的EOS％与初生重、初生体高呈显著正相关(P<0.05),MPV与初生体长、初生体高、断奶体重、断奶体长、断奶体高和断奶胸围以及PDW与断奶体重、断奶体长、断奶体高和断奶胸围之间分别呈极显著正相关(P<0.01);呈显著负相关(P<0.05)的指标分别有:WBC与断奶日期、LYM＃与初生重、初生体高和初生胸围、RBC与初生体长、初生体高、初生胸围和断奶体重;而WBC与初生重、初生体长、初生体高、初生胸围、断奶体重、断奶体长、断奶体高和断奶胸围,则呈极显著负相关(P<0.01)。