如何对上市公司盈余质量进行计量，如何鉴别内部控制缺陷与盈余质量的相关关系，从而更好的通过完善企业内部控制体系来提高盈余信息质量，以满足信息使用者的需求，成为各国理论、实务界亟待解决的论题。我们利用2003-2011年深市主板A股上市公司财务数据，以2009-2011年披露内部控制自我评估报告为样本，对上市公司内部控制缺陷与盈余质量进行了实证研究，并进而选取内部控制缺陷认定的替代指标-重大会计差错公告为自变量，对前述研究进行验证与对比。实证结果表明，上市公司内部控制缺陷的存在会降低盈余信息的质量，并且由于审计难易度不同，会计类内控缺陷相对于公司类内控缺陷，对盈余质量的负影响较小。除此之外，用替代指标作为自变量对内控缺陷与盈余质量的关系研究结果虽然与前述结论一致，但是模型的因变量与自变量之间系数显示出用替代指标认定的内控缺陷比直接用内控自评报告认定的内控缺陷对盈余质量的影响要大，这不仅说明上市公司内部控制自我评估报告中披露的内部控制缺陷信息含量会因管理层的自主选择性而下降，也间接的说明了我国内部控制披露体系不完善、制度执行力度不够。我们的研究就为我国现行内部控制有效性评价与披露制度在资本市场经济现实中的良好适用性提供了经验数据，同时也为我国监管部门在坚持以内部控制缺陷为核心指标对内部控制有效性进行评价的原则下，试图通过完善内部控制缺陷的认定与披露体系来进一步增强内部控制的有效性提供了实践的保证。