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蚕豆(Vicia faba L.)是一种重要的食用豆类作物。由于蚕豆种子萌发期对盐分较为敏感,同时萌发期又是植物整个生长过程的起始,使得土壤中盐分的累积严重限制了蚕豆的生产。因此提高在种子萌发阶段的耐盐性,是蚕豆育种的最佳改良策略。为了研究盐胁迫下种子萌发阶段的基因动态表达,使用RNA-seq方法研究了两种在萌发期具有不同耐盐性的蚕豆品种的全基因组转录谱。通过比较耐盐性品种Y134和盐度敏感型品种Y078的基因表达差异,共鉴定出4486个差异基因(DEG)。其中,有1410个候选DEG被鉴定为盐胁迫反应基因。此外,在盐处理下16和24小时的种子发芽过程中,有623个DEG被鉴定为品种特异性应答基因。这些DEG中一些参与细胞壁的松动(例如,木葡聚糖内切葡糖苷酶/水解酶,几丁质酶和弹性蛋白),激素代谢(例如,LEA基因,与ABA或乙烯信号通路相关的基因),染色质重塑(例如,染色质结构蛋白,LHP1)等在盐处理的耐盐品种中显着上调,表明它们在盐胁迫下种子萌发调控中起关键作用。结果表明,大量基因可调节蚕豆对盐分的响应,其调控机制较为复杂。根据盐胁迫下蚕豆种子萌发期的转录组(RNA-seq)数据,利用在线数据库(NR、Swiss-prot和PFAM 3),对蚕豆LEA相关基因进行筛选和注释。通过NCBI的CDD对蚕豆LEA基因保守序列分析,排除不相关基因。利用Ex PASy、GSDS两个在线网站软件进行蛋白理化性质分析和基因结构分析,利用MEGA-X、MEME进行系统进化分析和蛋白motif分析。基于盐胁迫转录组数据分析LEA基因在蚕豆(Y134耐盐和Y078不耐盐)2个不同处理时间的差异表达模式,发现了三个可能影响盐胁迫下种子萌发的基因。通过转录组分析和LEA基因家族分析,有助于增进人们对种子发芽过程中耐盐性机制的了解,并为今后耐盐蚕豆品种的育种提供有价值的遗传资源。